L'institut est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, sous réserve des dispositions du décret n° 2002-252 du 22 février 2002relatif au régime budgétaire, financier et comptable des établissements publics à caractère scientifique et technologique.
Les ressources de l'institut comprennent :
1° Les subventions et contributions de l'Etat et des autres collectivités publiques ;
2° Les fonds de concours nationaux, européens et internationaux ;
3° Les produits des emprunts ;
4° Le produit de la vente des publications et de l'exploitation directe ou indirecte des matériels et des droits de propriété intellectuelle ;
5° Le produit des prestations exécutées à titre onéreux par l'institut, notamment les homologations, les agréments techniques et les certifications ;
6° Le produit de l'utilisation des grands équipements de recherche par des partenaires français et étrangers ;
7° Les dons et legs ;
8° Les revenus des participations financières et des cessions ;
9° Le produit des participations diverses ;
10° Les ressources provenant de l'application d'accords conclus par l'institut avec des organismes publics ou privés, nationaux, étrangers ou internationaux.

L'institut est soumis au contrôle financier prévu par les dispositions du décret du 4 juillet 2005 susvisé.

Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général, après avis de l'agent comptable, et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.

Les frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés aux membres du conseil d'administration, du conseil scientifique, de la commission d'évaluation des chercheurs de la commission d'examen des candidatures et du comité d'éthique dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.