Pour l'exercice des missions définies au c de l'article L. 912-2 du code rural et de la pêche maritime, le comité national participe à la création et au fonctionnement de caisses de garantie contre les intempéries et avaries, en charge du versement d'indemnités journalières aux équipages de navires immobilisés au port ou ne pouvant pratiquer la pêche du fait d'intempéries ou d'avaries, et assure le contrôle de ces caisses.
Les modalités de fonctionnement et de gestion du système de garantie contre les intempéries et avaries sont définies par arrêté conjoint du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine et du ministre chargé du budget.
Pour l'exercice des missions définies aux a à d du même article, le comité national coordonne l'action des comités régionaux, départementaux et interdépartementaux des pêches maritimes et des élevages marins.

Conformément aux articles L. 921-2-1 et L. 921-2-2 du code rural et de la pêche maritime, le Comité national des pêches maritimes et des élevages marins est consulté par le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine sur :
a) Les mesures d'ordre et de précaution destinées à organiser la compatibilité entre les métiers ;
b) Les mesures techniques relatives aux engins de pêche ;
c) Les mesures relatives à l'organisation et à l'exploitation des pêcheries ;
d) Le fonctionnement de l'organisation professionnelle des pêches maritimes et des élevages marins.

I. ― Le conseil du comité national comprend quarante-deux membres ainsi répartis :
a) Quatorze représentants des comités régionaux des pêches maritimes et des élevages marins, désignés par le conseil de chaque comité régional des pêches maritimes et des élevages marins ;
b) Treize représentants des chefs d'entreprise de pêche maritime et un représentant des chefs d'entreprise d'élevage marin ;
c) Trois représentants des coopératives maritimes ;
d) Onze représentants des organisations de producteurs.
II. - En outre, participent aux travaux du conseil, avec voix consultative, deux représentants des entreprises de premier achat et de transformation de la filière des pêches maritimes et des élevages marins.

Les membres du conseil sont nommés par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine.

Le conseil du comité national élit en son sein, au scrutin secret, le président et les vice-présidents du comité national.
Le président et les vice-présidents sont nommés par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine.
Il peut être mis fin au mandat du président et des vice-présidents sur proposition du conseil statuant à la majorité de 75 % de ses membres.
En cas de vacance de la présidence du comité, les pouvoirs du président sont exercés par le premier vice-président ou à défaut par les suivants jusqu'à l'élection d'un nouveau président, qui intervient à la réunion du conseil qui suit immédiatement la constatation de la vacance.

Le conseil du comité national élit en son sein, à la majorité, dans des conditions prévues par le règlement intérieur du comité, un bureau qui comprend, en plus du président et des vice-présidents qui en sont membres de droit, douze membres, où sont représentés l'ensemble des professions et organismes mentionnés aux a à d de l'article 3 et dont le président du comité assure la présidence.

Le conseil se réunit au moins quatre fois dans l'année sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour.
Il est également convoqué soit à la demande du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, soit à la demande de la majorité de ses membres. L'ordre du jour de la réunion comporte alors prioritairement les questions pour lesquelles elle a été convoquée.
Le conseil ne délibère valablement que si la moitié au moins de ses membres est présente ou représentée. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil se réunit de droit dans un délai d'au moins deux semaines, après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé. Les décisions sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés.
Le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine est informé de toutes les réunions du conseil, auxquelles il peut participer ou se faire représenter et dont les délibérations lui sont transmises.
Le conseil peut, par délibération adoptée à la majorité de ses membres, déléguer au bureau les pouvoirs qui relèvent de sa compétence, à l'exception des délibérations relatives au budget et à l'approbation des comptes annuels et aux cotisations professionnelles obligatoires.

Le président du comité prépare et veille à l'exécution des délibérations du conseil et du bureau, auxquels il rend compte.
Il assure la direction des services du comité et le représente dans tous les actes de la vie civile et dans ses rapports avec les tiers.
Il représente le comité national en justice. A ce titre, il peut agir en justice au nom du comité national, après avis du bureau.
Il nomme aux emplois, après avis du bureau. Il peut être assisté d'un directeur général qu'il nomme après accord du bureau et auquel il peut déléguer sa signature pour le fonctionnement administratif et financier, dans les conditions fixées par le règlement intérieur prévu à l'article 10.
Il peut autoriser à assister, avec voix consultative, aux réunions du conseil ou du bureau toute personne dont il juge la présence utile compte tenu de l'ordre du jour.
Le conseil peut autoriser le président à déléguer sa signature dans les conditions fixées par le règlement intérieur prévu à l'article 10.

Le bureau se réunit sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour.
Il est également convoqué soit à la demande du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, soit à la demande de la majorité de ses membres. L'ordre du jour de la réunion comporte alors prioritairement les questions pour lesquelles elle a été convoquée.
Le bureau ne délibère valablement que si la moitié de ses membres est présente ou représentée. Si ce quorum n'est pas atteint, il se réunit de droit dans un délai d'au moins deux semaines, après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé. Les décisions sont alors adoptées à la majorité des membres présents ou représentés.
Le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine est informé de toutes les réunions du bureau, auxquelles il peut participer ou se faire représenter et dont les délibérations lui sont transmises.
Lorsque le bureau dispose, en application de l'article 7, d'une délégation du conseil pour émettre un avis prévu à l'article 2, ses membres peuvent, avec l'accord du président, participer aux débats par des moyens de visioconférence ou de communication électronique permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale. Ce moyen ne peut pas être utilisé lorsque le vote est secret. Leur participation est prise en compte pour le calcul du quorum.
Le bureau est responsable de la gestion du système de garantie contre les intempéries et avaries assurée par des caisses agréées par lui, sur délibération prise après avis de la commission du comité national en charge du suivi des questions sociales.
Une délibération du bureau, approuvée par arrêté conjoint du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine et du ministre chargé du budget, fixe les conditions et modalités du régime de garantie contre les intempéries et avaries.

Un règlement intérieur, approuvé par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, fixe les conditions de fonctionnement du comité national.
Il prévoit notamment la création de commissions et de groupes de travail.

I. ― En application de l'article L. 921-2-1 du code rural et de la pêche maritime, les délibérations adoptées à la majorité des membres du conseil du comité national, ou du bureau par délégation de ce dernier, peuvent être rendues obligatoires par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, notamment lorsqu'elles prévoient :
a) Des mesures d'adéquation des capacités de pêche à la ressource disponible, par l'institution et le contingentement d'autorisations de pêche, par l'ajustement de l'effort de pêche et par la définition et la normalisation des caractéristiques des engins de pêche ;
b) Des modalités techniques de coexistence entre les différentes activités d'élevage marin dans les zones de production, en matière de densité des élevages et de compatibilité des espèces élevées dans une même zone, et des modalités techniques d'organisation des différents stades d'élevage marin, de sauvegarde des cheptels, de prophylaxie des produits d'élevage et, le cas échéant, d'éradication des produits contaminés.
II. - En application de l'article L. 921-2-2 du même code, les délibérations adoptées à la majorité des membres du conseil du comité national, ou du bureau par délégation de ce dernier, peuvent être rendues obligatoires par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, lorsqu'elles prévoient des mesures réglementant la pêche des espèces qui ne sont pas soumises à un total autorisé de captures ou à des quotas de captures en application d'un règlement de l'Union européenne et relatives :
a) A l'organisation des pêcheries en ce qui concerne la limitation du temps de pêche, la fixation des dates d'ouverture et de fermeture de la pêche de certaines espèces, la définition de zonages ou de carroyages particuliers ;
b) A la limitation du volume des captures de certaines espèces, par la définition de quotas de pêche fixés par zone ou par période et par la répartition et la gestion de ces quotas à l'échelon régional ou portuaire ou par unité d'effort (flottille, navires ou nombre d'hommes embarqués).
III. - Les délibérations du comité national fixant le montant des cotisations professionnelles prévues à l'article L. 912-16 du même code font l'objet d'un avis publié au Journal officiel de la République française.