L'évaluation des compétences porte, simultanément ou non, sur les savoirs, savoir-faire et savoir-être. Cette évaluation se fait par contrôles de routine, contrôles de synthèse et contrôles de transition. Ces contrôles sont écrits ou oraux, ou sont des mises en situation professionnelle sur une installation réelle ou simulée ; ils portent également sur du travail personnel tel que défini à l'article 12.
Les épreuves sont définies dans les tableaux joints en annexe C. Cette annexe précise, pour chaque semestre, le coefficient de chaque épreuve. Une instruction de l'inspecteur général de l'enseignement maritime fixe les modalités de ces évaluations.

Le contrôle de routine est un contrôle court et ciblé qui porte sur une discipline et, dans cette discipline, sur la partie du programme vue depuis le dernier contrôle de routine ou depuis le début du semestre pour le premier d'entre eux.
Les contrôles de routine sont au nombre de 3 à 7 par discipline pendant chaque semestre en fonction de l'ampleur des compétences que l'élève doit acquérir, ce nombre étant laissé à l'appréciation du chef de département.

Le contrôle de synthèse est un contrôle qui porte sur les disciplines de l'épreuve et sur la partie du programme vue pendant la totalité de la scolarité du semestre. Il est d'une durée suffisante pour apprécier la vision globale que l'élève a du sujet. Ces contrôles de synthèse ont lieu après le dernier cours du semestre. Pour chacune des épreuves de l'annexe C, les contrôles de synthèse sont uniques. Les épreuves en simulateurs comptent comme une épreuve de synthèse.

Le contrôle de transition porte sur la totalité des épreuves d'un bloc, tel que défini au titre III du présent arrêté, et sur la partie du programme vue depuis le début du cycle. Il se déroule à la fin des périodes intermédiaires des semestres pairs pour le premier cycle et après la fin du semestre S10 pour le second cycle.

En cas d'invalidation d'un semestre d'étude dans l'établissement, les contrôles de transition sont organisés et se substituent aux contrôles de routine et aux contrôles de synthèse dans le calcul de la moyenne.