L'institut est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur.
Le conseil d'administration est assisté d'un conseil d'orientation stratégique et d'un conseil des membres.

Le conseil d'administration comprend quarante membres ainsi répartis :
1° Quatre représentants de l'Etat :
a) Le directeur général de l'enseignement et de la recherche au ministère chargé de l'agriculture ou son représentant ;
b) Le vice-président du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux au ministère chargé de l'agriculture ou son représentant ;
c) Le directeur général de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
d) Le directeur général de la recherche et de l'innovation au ministère chargé de la recherche ou son représentant ;
2° Dix-huit administrateurs représentant des établissements d'enseignement supérieur ou de recherche membres de l'institut, dont neuf représentants des établissements d'enseignement supérieur et neuf représentants des établissements de recherche, désignés selon des modalités fixées par un arrêté des ministres de tutelle ;
3° Une femme et un homme représentatifs des professions et des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'institut, nommés par arrêté des ministres de tutelle ;
4° Six représentants élus des personnels exerçant leurs fonctions dans l'institut ou dans un établissement d'enseignement supérieur membre de l'institut :
a) Deux représentants des professeurs de l'enseignement supérieur et personnels assimilés ou leurs suppléants ;
b) Deux représentants des maîtres de conférences et assimilés et des autres enseignants ou leurs suppléants ;
c) Deux représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ou leurs suppléants ;
5° Six représentants élus des personnels exerçant leurs fonctions dans un établissement de recherche membre de l'institut :
a) Deux représentants des directeurs de recherche et des chercheurs remplissant des fonctions analogues ou leurs suppléants ;
b) Deux représentants des chargés de recherche et des chercheurs remplissant des fonctions analogues ou leurs suppléants ;
c) Deux représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ou leurs suppléants ;
6° Quatre représentants élus des étudiants qui suivent une formation, dont l'un en doctorat, dans les établissements d'enseignement supérieur membres de l'institut ou leurs suppléants.
Le conseil d'administration élit son président et son vice-président, en son sein, parmi les administrateurs visés aux 2° et 3°. Le vice-président supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement de celui-ci. Les fonctions de président du conseil d'administration sont incompatibles avec celles de directeur de l'institut.

Le président du conseil d'administration en convoque les réunions et il en fixe l'ordre du jour.
Ce président anime les réunions du conseil des membres. Il participe aux débats sans voix délibérative. Il est suppléé par le directeur de l'institut.

Le conseil d'administration fixe les orientations générales de l'institut.
I. - Après avis du conseil des membres, il délibère sur :
1° Les stratégies de recherche et de formation communes ;
2° Les activités et les projets communs ;
3° Les coopérations renforcées entre les membres ;
4° Le contrat d'objectifs et de performance conclu avec l'Etat ;
5° Le budget initial et les budgets rectificatifs.
II. - Il délibère également sur :
1° Les délégations de compétences ;
2° L'adhésion, l'exclusion et le retrait des membres ainsi que l'établissement des conventions avec les associés ;
3° Le compte financier ;
4° L'organisation générale de l'institut ;
5° Le règlement intérieur de l'institut ;
6° Les conditions générales d'emploi et de recrutement du personnel ;
7° Les acquisitions, aliénations, échanges d'immeubles et les baux et locations ;
8° L'acceptation des dons et legs ;
9° L'attribution de bourses, concours et subventions ;
10° Les contrats, conventions et marchés ;
11° L'autorisation d'engager les actions en justice et de négocier et conclure les transactions ;
12° La participation à des organismes dotés de la personnalité morale quelle que soit leur nature juridique.
Il peut déléguer au directeur de l'institut, dans les limites qu'il fixe, les attributions mentionnées aux 7° à 11°. Le directeur rend compte des décisions prises dans le cadre des attributions ainsi déléguées à la plus prochaine réunion du conseil d'administration.
Le directeur et l'agent comptable assistent aux réunions avec voix consultative.

Le directeur assure le bon fonctionnement de l'institut et le représente en justice et à l'égard des tiers dans tous les actes de la vie civile. Il met en œuvre la politique fixée par le conseil d'administration.
Il exerce notamment les attributions suivantes :
1° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration, notamment le budget ;
2° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
3° Il a autorité sur l'ensemble des personnels qu'il nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu ce pouvoir ;
4° Il décide de l'organisation et du fonctionnement des services généraux ;
5° Il conclut les contrats, conventions et marchés ;
6° Il assure le maintien de l'ordre et de la sécurité au sein de l'institut ;
7° Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.
Le directeur est nommé par décret, pour une durée de cinq ans renouvelable une fois, après avis du conseil d'administration.
Il peut déléguer sa signature aux membres du personnel d'encadrement de l'institut, dans la limite de leurs attributions.

Le conseil d'orientation stratégique conduit, au profit du conseil d'administration, une réflexion prospective sur l'exercice de ses missions par l'institut et sur leur développement.
Le conseil d'orientation stratégique est composé de vingt-cinq personnalités nommées par arrêté des ministres de tutelle pour une durée de quatre ans, sur proposition du conseil d'administration. Il élit son président parmi ses membres et se réunit au moins une fois par an sur sa convocation. Ses modalités d'organisation et de fonctionnement sont fixées par le règlement intérieur.

Le conseil des membres comprend un représentant de chacun des établissements et organismes membres de l'institut.
Un représentant de chacun des ministres de tutelle assiste aux réunions. Les associés peuvent également être invités à assister aux réunions par le président du conseil d'administration en fonction de l'ordre du jour.
Le président du conseil d'administration convoque les réunions du conseil des membres. Il fixe l'ordre du jour des séances après consultation des membres et du directeur.

Le réseau prévu à l'article L. 812-7 du code rural et de la pêche maritime dédié à la formation des personnels enseignants, d'éducation et d'encadrement de l'enseignement général, technologique et professionnel agricole regroupe les membres de l'institut ayant vocation à participer à la conception et à la mise en œuvre de ces formations. Il met en œuvre dans son périmètre de compétences les stratégies, les activités et les projets communs en matière de recherche et de formation.

Les coopérations prévues à l'article L. 812-9 du code rural et de la pêche maritime consistent, pour les membres qui y participent, en la mise en œuvre de stratégies, d'activités et de projets communs en matière de recherche et de formation dans un domaine spécifique.
Les membres de l'institut assurant une formation d'ingénieur dans l'un des domaines mentionnés au 1° de l'article L. 812-1 du code rural et de la pêche maritime participent à une coopération renforcée en vue d'assurer la coordination de leur offre de formation.
Les membres de l'institut assurant la formation de vétérinaire participent à une coopération renforcée en vue d'assurer l'élaboration et la mise en œuvre d'un programme d'enseignement commun correspondant au référentiel du diplôme national unique prévu à l'article R. 812-53 du code rural et de la pêche maritime. Ils participent également à une coopération renforcée ayant pour objet la coordination de leurs programmes de recherche clinique vétérinaire. Après accord du conseil d'administration, d'autres membres de l'institut peuvent participer à cette coopération renforcée.
D'autres coopérations peuvent être créées, à l'initiative de membres de l'institut, du président ou du directeur, dans le respect des compétences du conseil des membres et de celles du conseil d'administration.
Les associés peuvent participer aux coopérations correspondant à leur domaine de compétences.