L'avis d'une commission sur une affaire qui lui a été confiée en application du dernier alinéa de l'article 6 tient lieu d'avis du conseil.
Le président de chaque commission arrête l'ordre du jour des séances en accord avec le président du conseil.

Le conseil peut créer, en son sein, des groupes de travail composés de membres du conseil, dont l'un a la qualité de président, désignés par le président.
Le groupe de travail peut entendre toute personne extérieure dont l'audition est de nature à éclairer ses travaux.
Le président du groupe de travail rend compte au conseil des résultats de ses travaux. Il peut être assisté par un rapporteur. Les rapporteurs devant le conseil sont choisis par le président soit parmi les membres du conseil, soit parmi les agents de l'Etat appartenant à un corps de catégorie A ou assimilée, ou parmi les agents non titulaires de l'Etat exerçant des fonctions de niveau équivalent.

Lorsque le conseil est consulté sur une disposition législative ou réglementaire, son avis est réputé rendu en l'absence d'avis exprès émis dans un délai de cinq semaines à compter de sa saisine.

Le ministre chargé des transports met à la disposition du conseil les moyens nécessaires à son fonctionnement. Le secrétariat du conseil est assuré par la direction générale des infrastructures, des transports et de la mer.

Les membres du conseil exercent leurs fonctions à titre gratuit. Ils peuvent bénéficier du remboursement de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Le conseil fonctionne et délibère dans les conditions prévues par les articles 9 à 14 du décret du 8 juin 2006 susvisé.