Le Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux comprend les sections suivantes :
La première section « mission d'inspection générale et d'audit » pilote l'ensemble des missions d'audit, d'inspection et de contrôle.
La deuxième section « économie, filières et entreprises » est compétente en matière d'économie des entreprises et des filières agricoles, d'élevage, halieutiques, aquacoles et agroalimentaires ainsi que de politiques qui y concourent.
La troisième section « alimentation et santé » est compétente pour les questions relatives à la politique de l'alimentation, à la sécurité sanitaire, à la qualité nutritionnelle et organoleptique des aliments, à la santé et au bien-être des animaux, à la prévention des zoonoses, à la protection des végétaux et à ses effets sur l'environnement.
La quatrième section « forêts, eaux et territoires » est compétente pour les questions relatives à la forêt et au bois, à la nature, à la biodiversité, à l'eau, au milieu marin, et aux risques qui leur sont liés, ainsi qu' à l'aménagement et au développement des territoires ruraux.
La cinquième section « recherche, formation et métiers » est compétente pour les questions relatives à la recherche et à l'enseignement supérieur, à l'innovation et au développement, à l'emploi et à la protection sociale agricoles, à la formation en lien avec l'évolution des métiers ainsi qu'à la transformation du système éducatif.
La sixième section « gestion publique et réforme de l'Etat » est compétente en matière de gouvernance publique, d'organisation administrative, de modernisation, d'optimisation des ressources et performances, de simplification et de relations avec les usagers ainsi que de codification.
La septième section « prospective, société, international » est compétente pour les questions relatives à la prospective, aux études et à l'évaluation, aux enjeux climatiques, aux enjeux des sciences et techniques pour la société ainsi que pour les questions internationales.

Les membres mentionnés au c de l'article 2 du décret du 10 février 2010 susvisé sont nommés au conseil général après avis du vice-président.

Le secrétaire général gère les moyens du conseil et assiste le vice-président dans ses missions.

Il assure le secrétariat du bureau et du comité d'animation et de coordination mentionné à l'article 6, ainsi que la convocation aux assemblées générales.

Le secrétariat général est composé de collaborateurs placés sous l'autorité du secrétaire général. Il est organisé en bureaux.

Le bureau des missions assure la gestion administrative des missions, de la lettre de commande jusqu'à la diffusion du rapport, fournit aux membres les documents types et les ressources documentaires, met en œuvre les actions de communication pour valoriser les missions.

Le bureau des affaires générales traite des questions relatives au budget, aux ressources humaines, à l'organisation et à la gestion de la formation continue, à l'informatique et à la logistique.

Outre son président, le comité de déontologie est composé de quatre personnalités qualifiées nommées pour une durée de trois ans, renouvelable une fois, par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. Ils sont choisis notamment parmi les membres honoraires ou en activité du Conseil d'Etat, de la Cour des comptes, des corps d'inspection générale ou des conseils généraux.
Ce comité élabore, en liaison avec les membres du bureau, la charte de déontologie du conseil général et participe, par ses avis et recommandations, au respect de ses principes : à cet effet, il peut être saisi de toute demande d'avis par les membres du bureau du conseil général. Il peut également être saisi de toute réclamation par un membre du conseil général ou par le responsable d'une structure administrative ou d'un organisme inspecté ou audité par le conseil général.
Il établit un rapport annuel d'activité qui est présenté à l'assemblée générale et rendu public.

Le président de chaque section est assisté d'un collège, dans les conditions définies par le règlement intérieur du conseil général.

Les sections organisent la réflexion collective autour des travaux qui leur sont confiés. Elles veillent au maintien des compétences de leurs membres.

Le comité d'animation et de coordination, composé de membres du conseil général et présidé par le vice-président, est une instance de concertation sur les questions intéressant l'activité de ce conseil. Sa composition et ses modalités de fonctionnement sont fixées par le règlement intérieur du conseil général.

Un comité d'orientation réunit, au moins une fois par an, le secrétaire général, les directeurs d'administration centrale du ministère chargé de l'agriculture et les membres du bureau. Il peut associer à ses travaux d'autres départements ministériels pour lesquels le conseil général réalise des missions. Ce comité d'orientation est présidé conjointement par le vice-président du conseil général et le secrétaire général du ministère chargé de l'agriculture. Il donne son avis sur le programme annuel.

Des groupes de travail à caractère permanent ou temporaire peuvent être créés par décision du vice-président.

L'arrêté du 26 avril 2006relatif à l'organisation du Conseil général de l'agriculture, de l'alimentation et des espaces ruraux est abrogé.

A titre provisoire et au plus tard jusqu'au 31 décembre 2010 :
1° Le domaine d'intervention de la section « forêts, eaux et territoires » est réparti entre une section « aménagement et développement des territoires », une section « eau, milieu marin, pêche » et une section « nature, forêt, paysages » ;
2° Le domaine d'intervention de la section « gestion publique et réforme de l'Etat » est réparti entre une section « ressources humaines » et une section « modernisation de la gestion publique » ;
3° Le domaine d'intervention de la section « prospective, société international » est réparti entre une section « prospective, études et évaluation », une section « Europe et international » et une section « science, technique et société ».

Le présent arrêté sera publié au Journal officiel de la République française.