Pour chaque année scolaire, le ministre chargé de l'agriculture nomme le président de la commission nationale et les autres membres, ainsi que le service chargé de l'organisation et du secrétariat de ladite commission.
Cette commission nationale est composée :

- de douze membres représentant chacun des lycées dotés de ce type de classe préparatoire, désignés par le chef d'établissement ;
- de trois membres désignés par le directeur général de l'enseignement et de la recherche, nommés parmi ses services, l'inspection de l'enseignement agricole ou les services formation recherche développement des directions régionales de l'agriculture, de l'alimentation et de la forêt ;
- de trois membres représentant des établissements publics d'enseignement supérieur recrutant des étudiants à l'issue de cette classe préparatoire, sur proposition de la conférence des directeurs de l'enseignement supérieur agricole ;
- de deux personnalités qualifiées,

choisies en raison de leur connaissance du monde éducatif, sur proposition du président ou de la présidente de la commission nationale.