Le centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte est administré par un conseil d'administration et de recherche. Il est dirigé par un directeur. Le directeur peut être assisté d'un directeur administratif des services, qu'il désigne.

Le centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte comprend, en tant que de besoin, des départements et des services.

Le directeur est nommé pour une durée de quatre ans, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur proposition du conseil d'administration et de recherche. Il est choisi parmi les enseignants-chercheurs qui ont vocation à enseigner au centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte. Son mandat est immédiatement renouvelable une fois.

Le conseil d'administration et de recherche comprend vingt membres répartis comme suit :
1° Quatre membres de droit :
a) Le président du conseil général de Mayotte ou son représentant ;
b) Le maire de la ville de Dembéni ou son représentant ;
c) Les présidents de deux établissements partenaires ou leurs représentants ;
2° Six personnalités extérieures désignées par au recteur de région académique de Mayotte, chancelier des universités à Mayotte, dont deux représentants des activités économiques, un représentant des organisations d'employeurs et un représentant des organismes de salariés ;
3° Dix membres élus :
a) Deux représentants des professeurs d'université ou personnels assimilés au sens de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
b) Deux représentants des maîtres de conférences ou personnels assimilés au sens de l'article 6 du même décret ;
c) Deux représentants des autres personnels d'enseignement et de recherche ;
d) Deux représentants des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers et de service ;
e) Deux représentants des usagers.

Le conseil d'administration et de recherche élit un président, au scrutin uninominal majoritaire à deux tours et pour un mandat de quatre ans renouvelable, parmi les personnalités extérieures membres du conseil. Un vice-président est désigné dans les mêmes conditions. En cas d'empêchement temporaire du président, il convoque le conseil et en assure la présidence.
Le président du conseil d'administration peut inviter à assister aux séances du conseil, avec voix consultative, toute personne dont la présence lui paraît utile.
Le recteur de région académique de Mayotte, chancelier des universités à Mayotte ou son représentant, le directeur, le directeur administratif des services et l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.

Le conseil d'administration et de recherche se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président ; en outre, il peut se réunir en séance extraordinaire et sur un ordre du jour précis, à l'initiative de son président ou à la demande de la moitié au moins de ses membres ou du directeur du centre. L'ordre du jour, établi par le président, est notifié aux membres du conseil au moins huit jours à l'avance.
Le conseil d'administration et de recherche siège valablement si la moitié des membres en exercice est présente ou représentée. Toutefois, en matière budgétaire et statutaire, le conseil d'administration et de recherche délibère valablement si la moitié des membres qui le composent est présente. Si le quorum n'est pas atteint à l'ouverture de la séance, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours et peut alors valablement siéger, quel que soit le nombre des membres présents ou représentés.
Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents ou représentés. La voix du président est prépondérante en cas de partage égal des voix.
Un membre empêché peut donner procuration à un autre membre. Aucun membre ne peut recevoir plus de deux procurations.
Les membres du conseil peuvent participer aux séances par des moyens de visioconférence ou de communication électronique permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale et satisfaisant à des caractéristiques techniques garantissant la transmission continue et simultanée des débats et la confidentialité des votes lorsque le scrutin est secret. Les membres qui participent par ces moyens aux séances sont réputés présents dans le calcul du quorum et de la majorité requise.
En cas d'urgence, les délibérations relatives aux 8°, 9°, 10° et 11° de l'article 17 peuvent être prises après consultation écrite, y compris par voie électronique, des membres du conseil d'administration, selon les modalités définies par le règlement intérieur. Ces décisions sont ratifiées par le conseil d'administration et de recherche lors de sa plus prochaine séance.

Les membres du conseil d'administration et de recherche sont élus ou nommés pour une durée de quatre ans, à l'exception des représentants des usagers dont le mandat est de deux ans.

Le mandat des membres du conseil d'administration et de recherche cesse lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été élus ou nommés.
Lorsqu'un membre du conseil élu perd la qualité au titre de laquelle il a été élu ou lorsque son siège devient vacant, il est remplacé dans les mêmes conditions par le candidat de la même liste venant immédiatement après le dernier candidat élu.

Sont électeurs et éligibles au conseil d'administration et de recherche dans le collège correspondant à leur grade ou à leur catégorie :
1° Les enseignants, les enseignants-chercheurs et les personnels assimilés affectés au centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte qui y assurent au moins un cinquième de leurs obligations de service de référence ;
2° Les enseignants-chercheurs et personnels assimilés affectés dans les autres établissements qui assurent au centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte au moins un cinquième de leurs obligations de service de référence ;
3° Les autres personnels enseignants qui assurent au centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte au moins quarante heures annuelles d'enseignement ;
4° Les chercheurs qui effectuent, au moment de l'élection, une partie de leurs activités de recherche au centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte ;
5° Les personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers et de service qui assurent au centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte un service au moins égal à un mi-temps ;
6° Les usagers régulièrement inscrits au centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte.

Les représentants des personnels sont élus au scrutin de liste à un tour avec représentation proportionnelle au plus fort reste, sans panachage, et avec possibilité de listes incomplètes.
Les représentants des usagers sont élus selon les mêmes modalités.
Le règlement intérieur du centre fixe les modalités d'application de ces dispositions.

Les scrutins sont secrets. Nul ne peut prendre part au vote s'il n'est inscrit sur une liste électorale. Les électeurs peuvent exercer leur droit de vote par correspondance.
Le directeur du centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte est chargé de l'organisation des opérations électorales. Il fixe, un mois au moins avant la date du scrutin, la date des élections. Il est assisté d'une commission électorale dont il fixe la composition. Le directeur proclame les résultats du scrutin.
Le règlement intérieur fixe les modalités d'application de ces dispositions.

Tout électeur ainsi que le directeur du centre et le recteur de région académique de Mayotte, chancelier des universitésà Mayotte peuvent invoquer l'irrégularité ou la nullité des opérations électorales devant le tribunal administratif du ressort.

Une section disciplinaire est constituée dans les conditions fixées par le code de l'éducation.