Le conseil d'administration et de recherche détermine la politique générale du centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte dans le cadre de la législation et de la réglementation nationales applicables.
Il délibère notamment sur :
1° Les orientations relatives aux formations initiale et continue et la politique partenariale ;
2° L'organisation et le fonctionnement du centre et notamment la création de départements et de services ;
3° L'organisation générale des études ;
4° Le budget, ses décisions modificatives et le compte financier ;
5° Le règlement intérieur et le règlement pédagogique du centre ;
6° Les grandes orientations de la recherche ;
7° Les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles et l'acceptation des dons et legs ;
8° Les contrats, conventions ou marchés qui doivent lui être soumis pour approbation ;
9° La participation à des filiales ou à des groupements d'intérêt public ;
10° La détermination et le taux des redevances et rémunérations de toute nature qui sont perçues par le centre, à l'exception des droits de scolarité dus par les usagers inscrits en formation initiale préparant un diplôme national ;
11° Les actions en justice et les transactions, ainsi que le recours à l'arbitrage en cas de litiges nés de l'exécution de contrats passés avec des organismes étrangers.
Dans les limites qu'il détermine, le conseil d'administration et de recherche peut déléguer au directeur les attributions prévues aux 7°, 8°, 10° et 11° ainsi que le pouvoir d'adopter les décisions modificatives du budget. Le directeur lui rend compte, lors de sa plus prochaine séance, des décisions qu'il a prises en vertu de ces délégations.
Dans le cadre de ses compétences, il peut créer des commissions dont les attributions, les modalités de désignation des membres et de fonctionnement sont précisées par le règlement intérieur.

Le directeur dirige le centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration et de recherche, auquel il rend compte de sa gestion.
Le directeur exerce notamment les compétences suivantes :
1° Il représente le centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
2° Il prépare le budget du centre, ses modifications et l'exécute ;
3° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration et de recherche ;
4° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses du centre ;
5° Il a autorité sur l'ensemble des personnels du centre et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu de pouvoir de nomination ;
6° Il est responsable du maintien de l'ordre au sein du centre ;
7° Il répartit les services après avis des équipes pédagogiques ;
8° Il conclut les contrats, conventions et marchés ;
9° Il est chargé de l'organisation des opérations électorales ;
10° Il constitue les jurys d'examen et répartit les services d'enseignement ; il nomme les présidents de jury, en accord avec les présidents des établissements concernés par les habilitations.
Le directeur peut déléguer sa signature au directeur administratif des services, aux agents de catégorie A placés sous son autorité ainsi que, pour les affaires concernant les départements et les services mentionnés à l'article 5 et les unités de recherche constituées avec d'autres organismes d'enseignement supérieur ou de recherche, à leurs responsables respectifs.

Le centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte peut, avec d'autres établissements publics d'enseignement supérieur ou de recherche, créer un ou plusieurs services communs interétablissements. Les établissements intéressés règlent par convention l'organisation et les modalités de gestion de ce service. Cette convention mentionne les missions dévolues au service, l'établissement au sein duquel le service établit son siège, appelé établissement de rattachement, ainsi que les droits et obligations des établissements contractants. Elle précise en outre les conditions de nomination du directeur de ce service, la durée de son mandat ainsi que, le cas échéant, la composition, les attributions et les modalités de fonctionnement de l'instance consultative.
Ce service est doté d'un budget annexé au budget de l'établissement de rattachement.

Les missions et les compétences des départements et des services, leurs modalités d'organisation et de fonctionnement, les modalités de désignation de leurs responsables ainsi que la durée de leur mandat sont fixées par le règlement intérieur de l'établissement.

Sous réserve des dispositions de l'article 28, les délibérations du conseil d'administration et de recherche sont exécutoires dans un délai de quinze jours suivant la réception des procès-verbaux par le recteur de région académique de Mayotte, chancelier des universités de Mayotte, à moins que celui-ci n'en autorise l'exécution immédiate. Dans ce délai, ce dernier peut s'opposer à l'exécution d'une délibération et demander au conseil de délibérer à nouveau. Il peut procéder à l'annulation d'une délibération qui lui paraîtrait irrégulière dans le délai d'un mois à compter de la date à laquelle il a signalé son opposition. Si aucune décision n'intervient dans ce délai, l'opposition est levée de plein droit.