La commission consultative paritaire est présidée par le secrétaire général.
En cas d'empêchement, le président désigne, pour le remplacer, un autre représentant de l'administration, membre de la commission consultative paritaire. Il en est fait mention dans le procès-verbal.

La commission consultative paritaire élabore son règlement intérieur. Celui-ci est soumis à l'approbation du secrétaire général.

Le secrétariat de la commission est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission.
Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président, contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission. Ce procès-verbal est soumis à l'approbation des membres de la commission lors de la séance suivante.

La commission consultative paritaire se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président, à son initiative ou, dans le délai maximum de deux mois, sur demande écrite de la moitié au moins des représentants titulaires du personnel.

La commission consultative paritaire est saisie par son président ou sur demande écrite signée par la moitié au moins des représentants titulaires du personnel de toutes questions entrant dans sa compétence. Elle émet ses avis à la majorité des membres présents.
S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Les abstentions sont admises. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires de la commission, le vote a lieu à bulletin secret. En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition formulée.
Lorsque l'autorité compétente prend une décision contrairement à l'avis ou à la proposition émis par la commission, cette autorité doit informer la commission des motifs qui l'ont conduite à ne pas suivre l'avis ou la proposition.

Les séances de la commission consultative paritaire ne sont pas publiques.

Sont appelés à siéger les membres titulaires et, éventuellement, leurs suppléants qui ne peuvent prendre part aux débats ainsi qu'un nombre égal de représentants de l'administration.
Les suppléants peuvent assister aux séances sans pouvoir prendre part aux débats. Ils n'ont voix délibérative qu'en l'absence des titulaires qu'ils remplacent.

Lorsque la commission évoque la situation d'un représentant du personnel siégeant en tant que titulaire, il est fait appel au premier représentant suppléant ou, à défaut, à un autre représentant suppléant appartenant à la même liste.
Dans le cas où la commission est appelée à examiner la situation de tous les représentants, titulaires et suppléants, de la commission ou si aucun représentant ne peut valablement siéger, il est fait application de la procédure de tirage au sort dans les conditions prévues à l'article 18 pour désigner des représentants parmi les représentants de l'administration.

A la demande de l'administration ou à la demande des représentants du personnel, le président convoque des experts afin qu'ils soient entendus sur un ou des points inscrits à l'ordre du jour.
Les experts ne peuvent assister qu'à la partie des débats, à l'exclusion du vote, relative aux questions pour lesquelles leur présence a été demandée.

Toutes facilités doivent être données aux membres de la commission consultative paritaire par l'administration pour leur permettre de remplir leurs attributions.
En outre, communication doit leur être donnée de toutes les pièces et documents nécessaires à l'accomplissement de leur mission, huit jours au moins avant la date de la séance.
Une autorisation d'absence est accordée aux représentants du personnel, titulaires et suppléants, et aux experts pour leur permettre de participer aux réunions de la commission sur simple présentation de leur convocation. La durée de cette autorisation est calculée en tenant compte des délais de route, de la durée prévisible de la réunion et augmentée d'un temps égal à cette durée afin de mettre les intéressés en mesure d'assurer la préparation et le compte rendu des travaux de la commission.
Les membres de la commission et les experts sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle en ce qui concerne tous les faits et documents dont ils ont eu connaissance en cette qualité.

La commission ne délibère valablement qu'à la condition d'observer les règles de constitution et de fonctionnement édictées par le présent arrêté et par son règlement intérieur prévu à l'article 25 du présent arrêté.
En outre, les trois quarts au moins de ses membres doivent être présents lors de l'ouverture de la réunion.
Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans un délai de huit jours aux membres de la commission, qui siège alors valablement si la moitié de ses membres sont présents.

Les membres de la commission ayant voix délibérative ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions dans la commission. Ils sont toutefois indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.