Sous réserve des dispositions du présent décret, le centre est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte est soumis au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 4 juillet 2005 susvisé. Les modalités du contrôle financier sont définies par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'enseignement supérieur.

L'agent comptable du centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'enseignement supérieur.

Les ressources du centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte comprennent :
1° Les moyens délégués par l'Etat ;
2° Les subventions et fonds de concours de l'Etat, des collectivités publiques et de tout organisme public ou privé ;
3° Les versements et contributions des usagers ;
4° Les ressources provenant des activités de formation continue, des congrès, colloques et manifestations que le centre organise ;
5° Les produits de travaux de recherche, des publications, de l'exploitation ou de la cession de brevets et, de manière générale, le produit des activités du centre ;
6° Les recettes provenant des dons et legs et de la participation des employeurs au financement des premières formations technologiques et professionnelles, ou de la formation professionnelle permanente ;
7° Et, d'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses comprennent les frais de fonctionnement et d'équipement et, éventuellement, les frais liés aux personnels propres au centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte recrutés conformément aux dispositions législatives et réglementaires en vigueur, ainsi que toutes dépenses qui sont nécessaires à l'activité du centre.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être créées auprès du centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte dans les conditions fixées par le décret du 20 juillet 1992 susvisé. Les régisseurs sont nommés par le directeur avec l'agrément de l'agent comptable.

Les projets de budget et de décisions modificatives sont communiqués au recteur de région académique de Mayotte, chancelier des universités à Mayotte quinze jours avant leur présentation au conseil d'administration et de recherche.
Les délibérations à caractère budgétaire sont réputées approuvées si le représentant de l'Etat à Mayotte n'a pas fait connaître son refus de les approuver dans les quinze jours suivant la réception des procès-verbaux. En cas de refus d'approbation, le conseil d'administration et de recherche dispose d'un délai d'un mois pour délibérer à nouveau. A défaut de nouvelle délibération ou lorsque le budget ou ses modifications ne sont pas adoptés en équilibre réel ou lorsque le financement d'une dépense obligatoire n'est pas prévu, il est arrêté par le représentant de l'Etat. Le budget doit être adopté au 1er mars. A défaut, il est arrêté par le représentant de l'Etat.