L'agent en mission au sens du 1° de l'article 2 du décret du 3 juillet 2006 susvisé doit être muni, avant son départ, d'un ordre de mission nominatif dûment complété et signé par l'autorité qui ordonne la mission.
Il peut être établi un ordre de mission permanent pour certains agents appelés par leurs fonctions à effectuer de fréquents déplacements. L'ordre de mission permanent est délivré pour une zone géographique donnée et pour une durée totale n'excédant pas douze mois.
Dès le retour de la mission, l'agent adresse à l'ordonnateur, pour remboursement, l'ordre de mission mentionnant les frais de déplacement engagés et accompagné des pièces justificatives.

La mission débute à l'heure de départ de la résidence administrative et se termine à l'heure de retour à cette même résidence. Toutefois, pour tenir compte de situations particulières liées à la mission, le départ de la résidence familiale ou le retour à cette même résidence peut être autorisé par l'autorité habilitée.
Un délai forfaitaire d'une demi-heure est inclus à la durée de la mission avant l'heure de départ et après l'heure de retour mentionnées sur les titres de transport, pour tenir compte du délai nécessaire à l'agent pour se rendre au lieu où il doit emprunter un moyen de transport en commun. Ce délai est porté à une heure en cas d'utilisation de l'avion ou du bateau.

Les indemnités de mission sont décomptées de l'heure d'arrivée dans la localité (en cas de déplacement par voie routière exclusivement) ou la station de destination jusqu'à l'heure de départ de ce même lieu.

Préalablement à tout déplacement, l'agent peut percevoir une avance égale à 75 % du montant de l'indemnité susceptible de lui être attribuée, afin d'engager les frais d'hébergement et de repas.
Lorsque la mission n'a pas été effectuée, l'avance consentie à l'agent doit être remboursée.
De même, à l'issue de la mission, lorsque la régularisation de l'avance fait apparaître un trop-perçu, celui-ci doit être remboursé par l'agent.

Sous réserve de l'accord préalable et motivé de l'autorité qui ordonne la mission, les frais suivants peuvent donner lieu à remboursement sur présentation des pièces justificatives de dépenses :
a) Les frais liés à la délivrance d'un passeport ou d'un visa ;
b) Les frais de vaccination et de traitements médicaux prophylactiques obligatoires ou recommandés par l'autorité sanitaire compétente ;
c) Les frais de transport en commun sur le lieu de la mission hors résidence administrative ou familiale ;
d) Les frais de taxi ou de location de véhicule en cas d'absence de transport en commun ou lorsque l'intérêt du service le justifie ; les frais de parc de stationnement, péage, carburant, taxes diverses, excédents de bagages afférents au transport de matériel ou de documents nécessaires à l'accomplissement de la mission.