Les ordonnateurs tiennent une comptabilité des engagements annuels et pluriannuels.
La période d'engagement des dépenses court du 1er janvier au 31 décembre de l'année en cours.

L'exercice comptable correspond à l'année civile.
Tous les droits acquis et tous les services faits au cours d'un exercice doivent être comptabilisés au titre de cet exercice.

Le plan comptable des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel est établi conformément aux dispositions de l'article 54 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012mentionné ci-dessus. Il est approuvé conjointement par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et le ministre chargé du budget.

L'ordonnateur tient un inventaire permanent de tous les biens mobiliers et immobiliers dont il dispose. Cet inventaire distingue les biens propres de l'établissement de ceux qui lui sont affectés ou qui sont mis à sa disposition. Il est concordant avec l'inventaire comptable.

Chaque établissement se dote d'une comptabilité analytique établie conformément aux dispositions des articles 59 et 209 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 mentionné ci-dessus.

Les programmes pluriannuels d'investissement font l'objet d'un suivi particulier permettant de retracer l'état des engagements pluriannuels pris par l'établissement.