L'autorité territoriale institue un bureau central de vote et, le cas échéant, des bureaux secondaires.
Chaque bureau est présidé par l'autorité territoriale ou son représentant et comprend un secrétaire désigné par celle-ci et un délégué de chaque liste en présence. Chacune de ces listes peut en outre désigner un délégué suppléant appelé à remplacer le délégué qui aurait un empêchement.
Dans le cas où une liste ne désigne pas le délégué pour un bureau, celui-ci est valablement composé sans ce délégué.
Le représentant de l'autorité territoriale à un bureau secondaire de vote et le secrétaire de ce bureau peuvent être désignés parmi des agents appartenant à une administration de l'Etat, sous réserve de l'accord de cette dernière.

Il est procédé aux opérations de vote dans les locaux administratifs pendant les heures de service. Le scrutin doit être ouvert sans interruption pendant six heures au moins. Le vote a lieu en personne et au scrutin secret dans les conditions prévues par les articles L. 60 à L. 64 du code électoral. La distribution ou la diffusion de documents de propagande électorale sont interdites le jour du scrutin.
Il peut être recouru au vote électronique selon des modalités définies par le décret du 9 juillet 2014 susvisé. La décision de recourir au vote électronique est prise par l'autorité territoriale de la collectivité territoriale ou de l'établissement auprès duquel est placé le comité social territorial, après avis du comité social territorial compétent.

L'autorité territoriale fixe le modèle des bulletins de vote et des enveloppes. Les bulletins de vote indiquent le nom de l'organisation syndicale ou des organisations syndicales qui présentent les candidats, ainsi que, le cas échéant, l'appartenance de l'organisation syndicale, à la date du dépôt des listes, à une union de syndicats à caractère national. Les bulletins de vote font apparaître l'ordre de présentation des candidats.

La charge financière des bulletins de vote et des enveloppes, leur fourniture et leur mise en place ainsi que l'acheminement des enveloppes expédiées par les électeurs votant par correspondance sont assumées par la collectivité territoriale ou l'établissement public.

Les électeurs ne peuvent voter que pour une liste complète sans radiation ni adjonction de noms et sans modification de l'ordre de présentation des candidats.
Est nul tout bulletin établi en méconnaissance de l'une de ces conditions.

Les agents qui exercent leurs fonctions dans une collectivité territoriale ou un établissement public employant moins de cinquante agents votent par correspondance.
Le président du centre peut décider, après consultation des organisations syndicales représentatives que, les électeurs exerçant leurs fonctions au siège d'un centre de gestion votent également par correspondance.
Les agents autres que ceux mentionnés aux deux alinéas précédents votent directement à l'urne, sauf s'il a été décidé de recourir au vote par correspondance. Dans ce dernier cas, votent également par correspondance :
1° Les agents qui n'exercent par leurs fonctions au siège d'un bureau de vote ;
2° Les agents qui bénéficient d'un congé parental ou de présence parentale ;
3° Les fonctionnaires qui bénéficient d'un congé pour invalidité temporaire imputable au service au titre de l'article 21 bis de la loi du 13 juillet 1983 susvisée, de l'un des congés accordés au titre de l'article 57 de la loi du 26 janvier 1984 susvisée ainsi que les agents non titulaires qui bénéficient d'un congé rémunéré accordé au titre du premier alinéa du 1° et des 7° et 11° de l'article 57 de la même loi ou du décret du 15 février 1988 susvisé ;
4° Les agents qui bénéficient d'une autorisation spéciale d'absence accordée au titre de l'article 59 de la loi du 26 janvier 1984 susvisée ou d'une décharge de service au titre de l'activité syndicale ;
5° Les agents qui, exerçant leurs fonctions à temps partiel ou à temps non complet, ne travaillent pas le jour du scrutin ;
6° Les agents qui sont empêchés, en raison des nécessités du service, de se rendre au bureau de vote le jour du scrutin.
La liste des agents admis à voter par correspondance est affichée au moins trente jours avant la date des élections. Les agents qui figurent sur cette liste sont, dans le même délai, avisés de leur inscription par l'autorité territoriale et de l'impossibilité pour eux de voter directement à l'urne le jour du scrutin.
Cette liste peut être rectifiée jusqu'au vingt-cinquième jour précédant le jour du scrutin.

Pour l'ensemble des agents qui votent par correspondance, les bulletins de vote et les enveloppes nécessaires sont transmis par l'autorité territoriale aux agents intéressés au plus tard le dixième jour précédant la date fixée pour l'élection.
Chaque bulletin est mis sous double enveloppe. L'enveloppe intérieure ne doit comporter ni mention ni signe distinctif ; l'enveloppe extérieure doit porter la mention : « Elections au comité social territorial de… », l'adresse du bureau central de vote, les nom et prénom de l'électeur, la mention de la collectivité territoriale ou de l'établissement qui l'emploie si le comité social territorial est placé auprès d'un centre de gestion, et sa signature. L'ensemble est adressé par voie postale et doit parvenir au bureau central de vote avant l'heure fixée pour la clôture du scrutin. Les bulletins arrivés après cette heure limite ne sont pas pris en compte pour le dépouillement.

Le dépouillement des bulletins est assuré par le ou les bureaux de vote. Lorsque des bureaux de vote secondaires ont été institués, ils transmettent les résultats au bureau central.
Le vote par correspondance est dépouillé par le bureau central de vote.
Chaque bureau de vote procède au recensement et au dépouillement du suffrage dès la clôture du scrutin. Les votes par correspondance sont dépouillés en même temps que les votes directs après qu'il a été procédé à leur recensement.
Le président du centre de gestion peut, après consultation des organisations syndicales ayant présenté une liste, fixer par arrêté une heure de début des opérations de recensement des votes par correspondance, par émargement sur les listes électorales du comité social territorial placé auprès de ce centre, antérieure à l'heure de clôture du scrutin le jour de ce scrutin. Cet arrêté intervient au plus tard le dixième jour précédant la date du scrutin. Un exemplaire en est adressé immédiatement à chaque délégué de liste.
En cas de pluralité des bureaux de vote, un procès-verbal des opérations de recensement et de dépouillement est rédigé dans chaque bureau par les membres du bureau. Un exemplaire du procès-verbal est affiché, un autre exemplaire est immédiatement transmis au président du bureau central de vote.

Pour le recensement des votes par correspondance, la liste électorale est émargée au fur et à mesure de l'ouverture de chaque enveloppe extérieure et l'enveloppe intérieure est déposée, sans être ouverte, dans l'urne contenant les suffrages des agents ayant voté directement.
Sont mises à part sans donner lieu à émargement :
1° Les enveloppes extérieures non acheminées par la poste ;
2° Celles parvenues au bureau central de vote après l'heure fixée pour la clôture du scrutin ;
3° Celles qui ne comportent pas lisiblement le nom et la signature de l'agent ;
4° Celles qui sont parvenues en plusieurs exemplaires sous la signature d'un même agent.

Le bureau central de vote constate le nombre total de votants et détermine le nombre total de suffrages valablement exprimés ainsi que le nombre de voix obtenues par chaque liste.
Il détermine en outre le quotient électoral en divisant le nombre de suffrages valablement exprimés par le nombre de représentants titulaires à élire au comité.
Chaque liste a droit à autant de sièges de représentants titulaires du personnel que le nombre de voix recueillies par elle contient de fois le quotient électoral.
Dans le cas où, pour l'attribution d'un siège, des listes ont la même moyenne, le siège est attribué à la liste qui a recueilli le plus grand nombre de voix. Si les listes en cause ont recueilli le même nombre de voix, le siège est attribué à celle qui a présenté le plus grand nombre de candidats au titre du comité social territorial. Si plusieurs de ces listes ont obtenu le même nombre de voix et ont présenté le même nombre de candidats, le siège est attribué par voie de tirage au sort.
Lorsqu'une liste commune a été établie par des organisations syndicales, la répartition entre elles des suffrages exprimés se fait sur la base indiquée et rendue publique par les organisations syndicales concernées lors du dépôt de leur candidature. A défaut d'indication, la répartition des suffrages se fait à parts égales entre les organisations concernées. Cette répartition est mentionnée sur les listes affichées.

La désignation des membres titulaires du comité social territorial est faite à la proportionnelle avec attribution des restes à la plus forte moyenne.
Les représentants titulaires sont désignés selon l'ordre de présentation de la liste.

Il est attribué à chaque liste un nombre de représentants suppléants égal à celui des représentants titulaires, désignés selon l'ordre de présentation de la liste.
En cas de liste ne comportant pas un nombre de noms égal au nombre de sièges de représentants titulaires et de représentants suppléants à pourvoir, l'organisation syndicale ne peut prétendre à l'obtention de plus de sièges de représentants titulaires et de représentants suppléants du personnel que ceux pour lesquels elle a proposé des candidats. Les sièges éventuellement restants ne sont attribués à aucune liste.

Dans le cas où des sièges n'ont pu être pourvus par voie d'élection faute de candidats, l'attribution de ces sièges est faite par tirage au sort parmi les électeurs qui remplissent les conditions d'éligibilité.
Le jour, l'heure et le lieu de tirage au sort sont annoncés au moins huit jours à l'avance par affichage dans les locaux administratifs. Tout électeur au comité social territorial peut y assister.
Le tirage au sort est effectué par l'autorité territoriale ou son représentant. Si un bureau central de vote a été mis en place, ses membres sont convoqués pour assister au tirage au sort.
Si les agents désignés par le sort n'acceptent pas leur nomination, les sièges vacants des représentants du personnel sont attribués à des représentants des collectivités territoriales ou des établissements dont relève le personnel.

Le bureau central de vote, après avoir procédé au récolement des opérations de chaque bureau, établit le procès-verbal récapitulatif de l'ensemble des opérations électorales et procède immédiatement à la proclamation des résultats. Le procès-verbal mentionne notamment le nombre de votants, le nombre de suffrages valablement exprimés, le nombre de votes nuls et le nombre de voix obtenues par chaque liste en présence. Lorsqu'une liste a été présentée par un syndicat qui est affilié à une union de syndicats de fonctionnaires, le procès-verbal précise en outre l'organisation syndicale nationale à laquelle se rattache ce syndicat. En cas de liste commune à plusieurs organisations syndicales, le procès-verbal précise également la base de répartition des suffrages exprimés, déterminée conformément au dernier alinéa de l'article 47.
Un exemplaire du procès-verbal est immédiatement adressé au préfet du département ainsi qu'aux délégués de liste. En outre, le centre de gestion informe du résultat des élections les collectivités territoriales et établissements affiliés au centre et comptant moins de cinquante agents. Chaque collectivité ou établissement assure la publicité des résultats.
Le préfet communique dans les meilleurs délais un tableau récapitulatif départemental mentionnant notamment le nombre d'électeurs inscrits, de votants, de suffrages exprimés et de suffrages obtenus par chaque liste aux organes départementaux des organisations syndicales qui lui en ont fait la demande par écrit.

Les contestations sur la validité des opérations électorales sont portées dans un délai de cinq jours francs à compter de la proclamation des résultats devant le président du bureau central de vote puis, le cas échéant, devant la juridiction administrative. Le président du bureau central statue dans les quarante-huit heures. Il motive sa décision. Il en adresse immédiatement copie au préfet.