Pour l'exercice des missions définies par l'article L. 912-7 du code rural et de la pêche maritime, le Comité national de la conchyliculture est chargé :
a) D'étudier et de proposer aux pouvoirs publics et aux organismes compétents toutes mesures d'ordre général concernant la conchyliculture ;
b) D'harmoniser :
― les méthodes de production et d'exploitation du domaine conchylicole, notamment en ce qui concerne la coexistence entre les différentes activités conchylicoles dans les mêmes zones de production ;
― les bonnes pratiques culturales, en particulier en matière de densité et de durée d'élevage ;
c) De proposer, dans le respect de la réglementation en vigueur, toute mesure technique relative à la sauvegarde des cheptels menacés, la prophylaxie des produits d'élevage et, le cas échéant, l'éradication des produits contaminés ;
d) D'harmoniser les pratiques permettant un bon fonctionnement du marché des produits de la conchyliculture, notamment en ce qui concerne la commercialisation et la traçabilité des produits conchylicoles jusqu'à la vente au détail ;
e) De procéder ou de participer à toute action de promotion ou d'amélioration de la qualité des produits de la conchyliculture et de leur image ;
f) De procéder ou de participer à toutes études, expérimentations, travaux de recherche technique ou socio-économique concernant la conchyliculture et d'en diffuser les résultats au sein de la profession ;
g) De réaliser toute action permettant d'améliorer la prévention et la gestion des risques et des aléas, notamment climatiques, sanitaires et environnementaux affectant la filière ;
h) De participer à la protection et à l'amélioration de la qualité des eaux conchylicoles ;
i) De coordonner l'action des comités régionaux de la conchyliculture et de veiller à ce que l'ensemble de la filière soit informé des questions d'intérêt général la concernant.

Le comité national est consulté par le ministre chargé de l'aquaculture sur toute nouvelle mesure législative ou réglementaire concernant :
a) La préservation, la gestion et le développement des ressources conchylicoles ;
b) Les conditions d'exercice de la conchyliculture, à l'exclusion des questions relatives à la réglementation du travail et à la fixation des salaires ;
c) Le fonctionnement de l'organisation interprofessionnelle de la conchyliculture.
Le comité national est tenu informé des orientations de la politique communautaire relative à la conchyliculture.

Le conseil du comité national comprend entre cinquante et soixante membres, dont au moins 50 % de membres représentant les exploitants, et un nombre égal de suppléants.
Le conseil est composé d'un groupe « Production » et d'un groupe « Distribution et transformation ».
Le groupe « Production », qui représente au moins 60 % du conseil, est composé de représentants :
― des exploitants exerçant les activités conchylicoles mentionnées à l'article 1er du décret n° 83-228 du 22 mars 1983 ;
― des salariés employés à titre permanent dans les exploitations conchylicoles.
Les représentants des exploitants incluent des représentants :
― des organisations de producteurs reconnues ;
― des professionnels du secteur coopératif ;
― des écloseurs.
Le groupe « Distribution et transformation » est composé de représentants des entreprises de la transformation et de la distribution des produits de la conchyliculture (notamment grossistes, poissonniers-détaillants, restaurateurs, écaillers, grandes surfaces).
Un arrêté du ministre chargé de l'aquaculture fixe le nombre et la répartition des membres du conseil du comité national entre les différentes catégories professionnelles susmentionnées, en assurant une représentation équilibrée des différents secteurs de la production et de la distribution, ainsi que des différents bassins de production.

Les membres du conseil sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'aquaculture.

Le président du Comité national de la conchyliculture est nommé par arrêté du ministre chargé de l'aquaculture, sur proposition du conseil, parmi ses membres.

Le bureau comprend, outre le président du comité, qui en assure la présidence, quinze membres désignés par le conseil en son sein.
Sa composition doit satisfaire aux dispositions de l'article L. 912-8 du code rural et de la pêche maritime.

Le conseil règle par ses délibérations la vie du comité. Il se réunit sur convocation du président du comité, qui en fixe l'ordre du jour.
Le conseil est également convoqué soit à la demande du ministre chargé de l'aquaculture, soit à la demande de la majorité de ses membres. L'ordre du jour de la réunion comporte alors prioritairement les questions pour lesquelles elle a été convoquée.
Le conseil ne délibère valablement que si la moitié de ses membres est présente. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil se réunit de droit dans un délai d'au moins deux semaines après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé. Les délibérations sont alors adoptées à la majorité des membres présents.
Le ministre chargé de l'aquaculture est informé de toutes les réunions, auxquelles il peut participer ou se faire représenter, et dont les projets de délibérations ainsi que les délibérations votées lui sont transmis.
Sur décision prise à la majorité de ses membres, le conseil peut déléguer à son bureau les pouvoirs qui relèvent de sa compétence, à l'exception des délibérations relatives au budget, aux comptes de fin d'exercice et aux cotisations professionnelles.
Lorsqu'elles sont adoptées par le bureau, les délibérations du comité ne peuvent pas être rendues obligatoires en application de l'article 10.
Lorsque le comité est consulté en application de l'article 2, les membres du conseil ou du bureau peuvent, avec l'accord du président, participer aux débats par des moyens de téléconférence, de visioconférence ou de communication électronique permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale. Ce moyen ne peut pas être utilisé lorsque le vote est secret. Leur participation est prise en compte pour le calcul du quorum.

Le président du comité prépare les délibérations du bureau et du conseil et veille à leur exécution. Il en rend compte à ces instances.
Il assure la direction des services du comité national et le représente dans tous les actes de la vie civile et dans ses rapports avec les tiers.
Il représente le comité national en justice.
Il nomme aux emplois.
Il peut autoriser à assister avec voix consultative, aux réunions du conseil ou du bureau, toute personne dont il juge la présence utile compte tenu de l'ordre du jour.
Le conseil peut autoriser le président à déléguer sa signature dans les conditions fixées par le règlement intérieur prévu à l'article 9.

Un règlement intérieur, approuvé par arrêté du ministre chargé de l'aquaculture, fixe les modalités de fonctionnement du conseil.
Le règlement peut prévoir la création de commissions de travail destinées à préparer les délibérations sur des questions particulières.
Ces commissions sont constituées majoritairement de membres titulaires ou suppléants du conseil.

Les délibérations du comité portant sur les missions attribuées au comité national en application de l'article L. 912-7 du code rural et de la pêche maritime et de l'article 1er du présent décret, adoptées à la majorité des membres du conseil, peuvent être rendues obligatoires par arrêté du ministre chargé de l'aquaculture.
Toutefois, les délibérations relatives aux normes de commercialisation des produits de la conchyliculture peuvent être rendues obligatoires, pour une période maximale de trois ans, par arrêté du ministre chargé de l'aquaculture, après avis du ministre chargé de la consommation.
Enfin, les délibérations du comité national fixant le montant annuel des cotisations professionnelles prévues à l'article L. 912-16 du même code font l'objet d'un avis publié au Journal officiel de la République française.