La durée du mandat des membres du conseil d'administration et des conseils consultatifs est de quatre ans, à compter de la date de leur première réunion, à l'exception de celui des représentants des étudiants qui est d'un an. Leur mandat est renouvelable. En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, le membre sortant est remplacé par son suppléant pour la durée restante du mandat en cours. En l'absence de suppléant, un autre membre est nommé ou élu dans les mêmes conditions pour la durée restante du mandat en cours.
Le ministre chargé de l'agriculture peut proroger le mandat des membres du conseil d'administration, sur proposition de son président, pour une durée maximale d'un an.
Les conseils se réunissent au moins deux fois par an sur convocation de leur président, qui fixe l'ordre du jour. Ils sont également réunis, sur un ordre du jour déterminé, à la demande du ministre chargé de l'agriculture, du directeur général de l'établissement, ou de la moitié au moins de leurs membres.
L'ordre du jour des réunions et les documents s'y rapportant sont communiqués aux membres des conseils au moins huit jours à l'avance.
Le président et le directeur général peuvent inviter aux séances toute personne dont ils jugent la présence utile ou dont la présence leur est proposée par l'un des membres. Ces invités siègent avec voix consultative.

Sauf en matière budgétaire, les conseils peuvent valablement délibérer lorsque la moitié de leurs membres en exercice sont présents ou représentés. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué dans un délai de quinze jours, avec le même ordre du jour, et peut alors délibérer quel que soit le nombre de membres présents.

Les délibérations sont prises à la majorité des membres en exercice présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Les séances ne sont pas publiques. Les délibérations font l'objet d'une publicité dans l'établissement selon des modalités fixées par le conseil d'administration.

Le règlement intérieur peut prévoir que les membres des conseils participent aux séances par des moyens de visioconférence ou de communication électronique satisfaisant à des caractéristiques techniques garantissant la transmission continue et simultanée des débats et la confidentialité des votes lorsque le scrutin est secret, permettant l'identification des intervenants et assurant la participation effective de ceux-ci à une délibération collégiale. Les membres qui participent par ces moyens aux séances sont réputés présents dans le calcul du quorum et de la majorité requise.

Tout membre d'un conseil empêché d'assister à tout ou partie d'une séance peut donner procuration à un autre membre. Toutefois, les membres élus sont représentés par leur suppléant et ne donnent procuration qu'en cas d'absence ou d'empêchement de celui-ci. Aucun membre ne peut détenir plus de deux procurations.
Tout membre d'un conseil qui n'est pas présent ou représenté à trois séances consécutives est considéré comme démissionnaire et doit être remplacé dans les meilleurs délais.
Les membres des conseils exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de séjour et de transport sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Les élections aux différents conseils ont lieu au scrutin de liste à un tour, sans panachage ni vote préférentiel, à la représentation proportionnelle avec répartition des sièges restant à pourvoir selon la règle de la plus forte moyenne. Toutefois, les élections des membres du conseil des enseignants et les élections visant à pourvoir un seul siège ont lieu au scrutin uninominal majoritaire à deux tours.

Pour les élections au conseil d'administration, au conseil scientifique et au conseil de l'enseignement et de la vie étudiante, le règlement intérieur fixe les conditions de recevabilité des listes de candidatures afin d'assurer une juste représentation des personnels des différents sites de l'établissement. A cet effet, il détermine, pour chaque collège électoral, le nombre minimum de candidats titulaires et suppléants affectés sur chaque site que les listes de candidatures doivent comporter. Ce nombre peut être déterminé en opérant un regroupement de plusieurs sites.

Pour toutes les élections, les fonctionnaires stagiaires en formation dans l'établissement sont assimilés aux étudiants.

Chaque représentant élu dispose d'un suppléant. Le vote peut avoir lieu par correspondance ou par procuration.

Un arrêté du ministre chargé de l'agriculture précise les conditions d'exercice du droit de suffrage, les conditions d'éligibilité et les modalités de déroulement et de régularité des scrutins.