Les résultats des élèves commissaires sont appréciés au moyen :
― d'un contrôle continu des connaissances portant sur les matières enseignées à l'école des commissaires des armées ou dans les établissements de l'enseignement supérieur civils ou militaires ;
― d'un examen de fin de scolarité organisé à la fin de la deuxième période de formation commune à tous les élèves commissaires.

L'aptitude au commandement et à l'exercice des fonctions de commissaire des armées est évaluée sous l'autorité du directeur de l'école des commissaires des armées tout au long de la scolarité et notamment à l'occasion des activités pratiques, des stages et des mises en situation professionnelles qui font aussi l'objet de notes chiffrées.
Le détail des modalités d'évaluation est fixé annuellement par le programme général d'enseignement.
Les notes sont arrêtées à la fin de chaque semestre et de chaque année ainsi qu'à la fin de la deuxième période de formation commune à tous les élèves.

Les coefficients se répartissent de la manière suivante :
10 % pour la formation spécifique d'armée, en première année ;
40 % pour la formation d'administrateur, en première année ;
20 % pour la formation d'administrateur, en deuxième année ;
30 % pour la formation spécifique de milieu, en deuxième année.

Chaque semestre de scolarité est validé si l'élève commissaire obtient :
― une moyenne supérieure ou égale à 10 sur 20 dans les matières académiques ; et
― une moyenne supérieure ou égale à 10 sur 20 dans les activités pratiques (stages, mises en situations professionnelles).
Les moyennes indiquées ci-dessus prennent en compte les premières notes obtenues par les élèves commissaires en cours de scolarité. Les élèves commissaires qui obtiennent une note inférieure à 10 sur 20 à l'une des épreuves ou activités sont soumis à des épreuves de rattrapage.

Les élèves ayant satisfait aux conditions de scolarité reçoivent le diplôme de l'école des commissaires des armées.
La formation universitaire suivie avec succès peut conduire à la délivrance du grade de master 2 par l'université d'Aix-Marseille.

Est soumise au conseil d'instruction la situation de l'élève commissaire qui :
― soit n'a pas validé un semestre de formation ;
― soit n'a pas suivi, notamment pour des raisons de santé, la totalité d'un semestre de formation ou participé à l'intégralité des épreuves comptant pour le classement de fin de scolarité.

Après avoir entendu l'élève concerné, qui peut demander à être assisté par un militaire ou un des professeurs de son choix, le conseil d'instruction propose :
― soit d'admettre l'élève à poursuivre sa scolarité ;
― soit de prolonger la durée de sa scolarité d'une année ; ou
― de l'exclure définitivement de l'école.

Le directeur de l'école transmet l'avis du conseil d'instruction au directeur central du service du commissariat des armées, qui décide :
― soit d'admettre l'élève à suivre la seconde année de formation ;
― soit de prolonger la durée de sa scolarité d'une année ; ou
― de résilier son contrat pour résultats insuffisants.
La durée de la scolarité peut être prolongée d'un an pour des raisons de santé ou en cas de résultats insuffisants.