L'aptitude au commandement et à l'exercice des fonctions de commissaire des armées est évaluée sous l'autorité du directeur de l'école des commissaires des armées tout au long de la scolarité et notamment à l'occasion des activités pratiques, des stages et des mises en situation professionnelles qui font aussi l'objet de notes chiffrées.
Le détail des modalités d'évaluation est fixé annuellement par le programme général d'enseignement.
Les notes sont arrêtées à la fin de chaque semestre et de chaque année ainsi qu'à la fin de la deuxième période de formation commune à tous les élèves.