L'établissement est administré par un conseil d'administration qui comprend :
1° Dix représentants de l'Etat :
― quatre représentants du ministre chargé de la jeunesse ;
― un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
― un représentant du ministre chargé de l'éducation nationale ;
― un représentant du ministre chargé de l'emploi ;
― un représentant du ministre chargé de la santé ;
― un représentant du ministre chargé de la culture ;
― un représentant du ministre chargé des affaires européennes ;
2° Trois représentants des collectivités territoriales :
― un représentant de l'Association des régions de France désigné par son président ;
― un représentant de l'Assemblée des départements de France désigné par son président ;
― un représentant de l'Association des maires de France désigné par son président ;
3° Deux représentants d'associations nationales œuvrant dans les domaines de la jeunesse et de l'éducation populaire, désignés par le ministre chargé de la jeunesse, sur proposition du comité pour les relations nationales et internationales des associations de jeunesse et d'éducation populaire (CNAJEP) ;
4° Trois personnalités qualifiées désignées par le ministre chargé de la jeunesse en raison de leurs compétences en matière de jeunesse ;
5° Deux représentants du personnel de l'établissement (un représentant des personnels administratifs et un représentant des autres catégories de personnels), élus dans les conditions fixées par le conseil d'administration.
Les membres du conseil d'administration mentionnés aux 2°, 3° et 5° peuvent être représentés par leur suppléant désigné ou élu dans les mêmes conditions.
Le président du conseil d'administration est désigné par le ministre chargé de la jeunesse, parmi les membres du conseil d'administration, pour une durée de trois ans.
Le directeur de l'établissement, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable ainsi que toute personne dont la présence est jugée utile par le président du conseil d'administration assistent aux séances avec voix consultative.
Le président du conseil scientifique prévu à l'article 9 du présent décret assiste aux séances avec voix consultative.

Le mandat des membres du conseil d'administration est gratuit. Toutefois, ils bénéficient du remboursement des frais de déplacements et de séjour dans les conditions fixées par la réglementation applicable aux agents de l'Etat.
Le mandat des membres du conseil d'administration autres que les représentants des ministres est de trois ans. Ce mandat est renouvelable une fois.
En cas de vacance survenant pour quelque cause que ce soit plus de six mois avant l'expiration du mandat d'un membre désigné, il est pourvu à son remplacement dans les mêmes conditions jusqu'à l'expiration du mandat en cours. Les membres élus sont remplacés par leur suppléant jusqu'à la fin du mandat détenu par le titulaire.

Le conseil d'administration se réunit, sur convocation de son président, aussi souvent que la bonne marche de l'établissement l'exige et au minimum deux fois par an. La convocation est de droit si elle est demandée par le ministre de tutelle ou par la moitié au moins des membres sur un ordre du jour déterminé.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres est présente ou représentée. Chaque membre du conseil d'administration peut donner mandat à un autre membre pour le représenter. Nul ne peut être porteur de plus de deux mandats. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil d'administration est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai inférieur à quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.
Les délibérations du conseil d'administration sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président du conseil d'administration est prépondérante.
Il est établi un procès-verbal de chaque séance du conseil d'administration, signé par le président du conseil d'administration. Le procès-verbal est transmis, dans les quinze jours suivant le conseil d'administration, au ministre chargé de la jeunesse.

Le conseil d'administration délibère notamment sur :
1° Les conditions générales d'organisation et de fonctionnement de l'établissement ;
2° Les projets de contrats de performance avec l'Etat ;
3° Les programmes généraux d'activité et d'investissement ;
4° Les projets de partenariat ;
5° Le rapport annuel d'activité, présenté par le directeur ;
6° Le budget et ses décisions modificatives ;
7° Le compte financier et l'affectation des résultats ;
8° La conclusion d'emprunts à moyen et long termes ;
9° La création d'établissements annexes ;
10° L'acquisition, l'aliénation ou la location des biens immobiliers ;
11° Les conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération du personnel ;
12° La participation à des organismes dotés de la personnalité morale ;
13° Les actions en justice et les transactions ;
14° L'acceptation ou le refus des dons et legs ;
15° Les conditions générales de rétribution des prestations fournies par l'établissement ;
16° Les conventions dont le montant est supérieur à un seuil qu'il détermine ainsi que le cadre général de passation des contrats, conventions et marchés conclus par l'établissement.
Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux alinéas suivants deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par le ministère chargé de la jeunesse à moins que celui-ci n'ait fait connaître son opposition dans ce délai.
Les délibérations relatives aux 2°, 3°, 11° et 15° du présent article deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la jeunesse et le ministre chargé du budget à moins que l'un d'entre eux n'ait fait connaître son opposition dans ce délai.
Pour devenir exécutoires, les délibérations relatives aux 8°, 9°, 10°, 12° et 13° du même article doivent faire l'objet d'une approbation expresse du ministre chargé de la jeunesse et du ministre chargé du budget.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le directeur de l'établissement et le directeur adjoint sont nommés par arrêté du ministre chargé de la jeunesse pour une durée de trois ans renouvelable une fois.

Le directeur exerce la direction générale de l'établissement public.
Il est responsable de la gestion administrative, technique, pédagogique et financière de l'établissement.
Il prépare les délibérations du conseil d'administration et assure leur exécution.
Il est ordonnateur des dépenses et recettes de l'établissement.
Il conclut toute convention au nom de l'établissement, sous réserve des dispositions de l'article 6, à l'exclusion des conventions avec des institutions et organismes internationaux ou extérieurs à la France, soumis au visa préalable du ministre chargé de la jeunesse.
Il a sous son autorité le personnel de l'établissement. Il nomme aux emplois pour lesquels aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination.
Il représente l'établissement en justice, dans tous les actes de la vie civile et dans ses rapports avec les tiers.
Il est responsable du bon fonctionnement général de l'établissement et veille notamment au respect des conventions d'utilisation passées entre l'établissement et les usagers. Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.
Il peut déléguer sa signature.
Le directeur est assisté d'un directeur adjoint qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.

Un conseil scientifique est créé au sein de l'établissement. Sa composition et son fonctionnement sont précisés par arrêté du ministre chargé de la jeunesse. Il se réunit au moins deux fois par an.
Il propose des orientations en matière de recherche et formule des recommandations sur les champs d'étude qu'il juge prioritaires.
Il est saisi pour avis préalablement aux délibérations du conseil d'administration portant sur les projets de contrat de performance, les projets de partenariats et les programmes d'activités, dans les domaines prévus au premier alinéa de l'article 2 du présent décret.
Il est associé à la définition des études conduites par l'établissement, notamment celles faisant l'objet de bourses ou d'appels à projets.
Il contribue à l'évaluation des travaux de recherche et d'études qui ont été menés par l'établissement.