La direction des affaires criminelles et des grâces comprend, outre le service du casier judiciaire national, le cabinet du directeur, deux sous-directions ― la sous-direction de la justice pénale générale et la sous-direction de la justice pénale spécialisée ― et le pôle d'évaluation des politiques pénales.

Le directeur des affaires criminelles et des grâces est assisté par un chef de service, adjoint au directeur, notamment chargé du suivi des dossiers transversaux, de l'animation des activités prospectives conduites par les différents services de la direction et, plus particulièrement, de la mission d'évaluation des législations et des politiques pénales confiée à la direction.

Placé sous l'autorité du chef de service, adjoint au directeur, le pôle d'évaluation des politiques pénales est chargé de définir des outils et des méthodes communes pour la conduite des études et de mener des évaluations en matière de législation et de politique pénales.
Il a plus particulièrement pour mission d'assurer le suivi de la mise en œuvre des instructions générales d'action publique adressées par le garde des sceaux aux magistrats du ministère public.
Ce pôle assure également la conception et le suivi de la normalisation des données pénales et gère la base de données juridiques des infractions pénales ainsi que la base des peines et mesures ; il participe, en lien avec le secrétariat général, à la conception des applications d'informatique judiciaire et des dispositifs statistiques relevant des champs d'intervention de la direction et représente la direction auprès des instances de recherche, d'étude et de statistiques du ministère, ainsi que de celles compétentes en matière informatique.

La sous-direction de la justice pénale générale élabore les projets de loi de décret et d'arrêté en matière pénale en tous domaines ne relevant pas de la compétence de la sous-direction de la justice pénale spécialisée.
Dans son domaine de compétence, elle concourt à l'élaboration du droit européen et international et veille à la transposition et à l'application dans l'ordre interne des conventions internationales. Elle élabore, organise et met en application les politiques pénales conduites par le ministère de la justice. Elle est chargée de l'animation et de la coordination de leur mise en œuvre et collabore à l'action du pôle d'évaluation des politiques pénales.
Elle assure le suivi de l'action publique.
Elle est en charge de l'élaboration et de l'application des textes relatifs à la police judiciaire ainsi que des dispositions de droit pénal et de procédure destinées à assurer le respect des libertés individuelles.
Elle conçoit la politique d'intervention du ministère public en direction des victimes d'infractions pénales, les actions relatives à la justice pénale de proximité, ainsi que celles destinées à renforcer la prévention de la délinquance, et veille à leur mise en œuvre.
Elle instruit les recours en grâce.
Elle assiste les juridictions en procédant, à leur demande, à toutes recherches documentaires ou jurisprudentielles, ou en émettant tout avis technique ou juridique dans les matières relevant de son domaine de compétence.

La sous-direction de la justice pénale spécialisée élabore les projets de loi, de décret et d'arrêté en matière économique, sociale, d'environnement et de santé publique et ceux relatifs à l'entraide judiciaire pénale internationale et à la lutte contre la criminalité organisée et le terrorisme.
Dans son domaine de compétence, elle concourt à l'élaboration du droit européen et international et veille à la transposition et à l'application dans l'ordre interne des conventions internationales. Elle élabore, organise et met en application les politiques pénales conduites par le ministère de la justice. Elle est chargée de l'animation et de la coordination de leur mise en œuvre et collabore à l'action du pôle d'évaluation des politiques pénales.
Elle assure le suivi de l'action publique ainsi que la mise en œuvre de l'entraide judiciaire pénale internationale.
Elle assiste les juridictions en procédant, à leur demande, à toutes recherches documentaires ou jurisprudentielles, ou en émettant tout avis technique ou juridique relevant de son domaine de compétence.

Les missions et l'organisation du casier judiciaire national, service placé sous le contrôle et l'autorité du directeur des affaires criminelles et des grâces, font l'objet d'un arrêté distinct publié au Journal officiel de la République française.

Le cabinet du directeur assure, en lien avec le secrétariat général, la gestion des personnels et des moyens logistiques affectés à la direction. Il a en charge le fonctionnement des bureaux d'ordre, ainsi que le suivi des questions parlementaires et des requêtes des particuliers. Il anime la politique de communication interne et externe de la direction.

L'arrêté du 1er septembre 2005 fixant l'organisation en sous-directions de la direction des affaires criminelles et des grâces est abrogé.

Le secrétaire général et le directeur des affaires criminelles et des grâces du ministère de la justice sont chargés, chacun en ce qui le concerne, de l'exécution du présent arrêté, qui entre en vigueur à compter du 1er septembre 2008 et sera publié au Journal officiel de la République française.