L'assemblée plénière du conseil général se tient en principe une fois par mois. L'assemblée générale siège selon les besoins. Elles sont convoquées par le vice-président. Les sections se réunissent une fois par mois en séance ordinaire et en séance supplémentaire en cas de nécessité et à la diligence de leur président. Le comité permanent se réunit en principe deux fois par mois sur convocation du vice-président.

Le vice-président désigne un président de section chargé d'assurer le lien de chaque commission ou mission spécialisée et de chaque groupe de travail avec le comité permanent.
Les commissions et missions spécialisées ainsi que les groupes de travail rendent périodiquement compte de leurs activités aux présidents de section éventuellement concernés qui ne sont pas membres de ces instances, ainsi qu'au comité permanent. Ces formations se réunissent aussi souvent que nécessaire à l'initiative de leur président ou responsable.

Les avis demandés au conseil général sont élaborés, après examen des problèmes posés, par les sections compétentes sous l'autorité du président de section qui apprécie dans quelles conditions doit être préparé l'avis définitif, compte tenu notamment de son urgence.
Pour conduire les travaux de leur section, les présidents sont assistés d'un groupe restreint d'ingénieurs généraux membres de la section. Ils peuvent s'appuyer sur les travaux et avis formulés par les commissions spécialisées et les groupes de travail.
Si une affaire est de la compétence de plusieurs sections, elle est soumise à un groupe comprenant des représentants des sections concernées placé sous l'autorité du président de la section la plus compétente, si nécessaire désigné par le vice-président.

Le conseil général élabore un règlement intérieur ayant pour objet d'expliciter les modalités de son fonctionnement et qui est approuvé par le ministre chargé de l'agriculture.

Les dispositions antérieures relatives au fonctionnement du Conseil général du génie rural, des eaux et des forêts et du Conseil général de l'agronomie sont abrogées.