Le service régional de médecine de prévention est organisé autour d'un centre de médecine de prévention des armées qui se compose d'une portion centrale et d'antennes qui correspondent à des secteurs géographiques d'exercice confiés à des médecins de prévention civils et militaires. Ces médecins de prévention sont désignés par la direction centrale du service de santé des armées selon les dispositions prévues à l'article 39 du décret du 29 mars 2012 susvisé. Ce dispositif est complété par des prestations apportées par des médecins relevant, selon le cas, des organismes listés à l'article précité.

Les internes militaires en médecine du travail et, le cas échéant, civils, sous réserve d'un agrément pris en conformité avec l'article L. 632-5 du code de l'éducation, peuvent être autorisés à exercer la médecine de prévention en remplacement d'un médecin de prévention dans les conditions fixées à l'article R. 4623-28 du code du travail.

A l'échelon local, les médecins de prévention sont chargés nominativement de la mise en œuvre technique de la médecine de prévention au bénéfice du personnel civil des organismes du ministère de la défense. Ces activités comprennent la surveillance de l'état de santé des agents et des actions sur le milieu professionnel. Ces dernières correspondent à au moins un tiers du temps dont dispose le médecin de prévention.
Le médecin de prévention peut confier certaines activités, sous sa responsabilité, aux infirmiers ou aux autres membres de l'équipe pluridisciplinaire qu'il coordonne, conformément aux articles 12 et 18 du présent arrêté. La circulaire prévue à l'article 36 du présent arrêté précise les conditions de leur réalisation.

L'avis d'aptitude pris dans le cadre de la surveillance médicale des agents est une mission du médecin de prévention. A ce titre, il est seul habilité à proposer des mesures individuelles telles que changement ou adaptations de postes justifiés par des considérations relatives notamment à l'état de santé physique et mental.

Dans le cadre des actions sur le milieu de travail, le médecin de prévention est amené à effectuer des visites des lieux de travail. A cet effet, il a libre accès aux lieux de travail. Au cours de ses activités en milieu de travail, il analyse les postes de travail et leurs exigences physiques et psychologiques ainsi que les rythmes de travail. A cette occasion, si le médecin de prévention constate l'existence d'un risque ou d'un dysfonctionnement grave pour la santé, il est habilité à le signaler par écrit au chef d'organisme avec, le cas échéant, des propositions motivées permettant de corriger la situation constatée.
L'équipe pluridisciplinaire, coordonnée par le médecin de prévention, peut également réaliser des actions sur le milieu de travail, notamment les visites des lieux de travail dans les conditions permettant d'assurer la protection du secret de la défense nationale. A cet effet, les membres de l'équipe pluridisciplinaire peuvent être admis à pénétrer dans les zones, installations, bâtiments ou aéronefs dont l'accès est soumis à une autorisation spéciale, accordée, au cas par cas, par l'autorisé responsable et dans les conditions permettant d'assurer la protection du secret de la défense nationale.

Les médecins de prévention peuvent être amenés à formuler des avis auprès des instances instituées en vertu des dispositions du décret du 14 mars 1986 susvisé.