Le président de l'établissement public est nommé par décret pris sur proposition du ministre chargé de la culture pour un mandat de trois ans renouvelable deux fois.
Il préside le conseil d'administration et dirige l'établissement.

Le conseil d'administration de l'établissement comprend, outre son président, dix-sept membres :
1° Six représentants de l'Etat :
a) Le secrétaire général du ministère chargé de la culture ou son représentant ;
b) Le directeur général des patrimoines et de l'architecture ou son représentant ;
c) Le responsable du service des musées de France ou son représentant ;
d) Le directeur du budget ou son représentant ;
e) Le préfet de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur, préfet des Bouches-du-Rhône ou son représentant ;
f) Le recteur de l'académie d'Aix-Marseille ou son représentant ;
2° Trois représentants des collectivités territoriales :
a) Le maire de Marseille ou son représentant ;
b) Le président du conseil départemental des Bouches-du-Rhône ou son représentant ;
c) Le président du conseil régional Provence-Alpes-Côte d'Azur ou son représentant ;
3° Six personnalités françaises ou étrangères désignées en raison de leurs compétences par arrêté du ministre chargé de la culture, dont une sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
4° Deux représentants du personnel ainsi que deux suppléants, élus dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la culture, dont un représentant du personnel scientifique.

Les membres du conseil d'administration mentionnés aux 3° et 4° de l'article 9 sont nommés ou élus pour trois ans, renouvelable.
Sauf si elle intervient moins de six mois avant l'échéance du mandat, toute vacance, pour quelque cause que ce soit, ou perte de la qualité au titre de laquelle ces membres ont été désignés, donne lieu à remplacement pour la durée du mandat restant à courir.

Les représentants élus du personnel au conseil d'administration bénéficient d'un crédit de quinze heures par mois pour l'exercice de leur mission.
Les autres membres du conseil d'administration, à l'exception du président, exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.
Les membres du conseil d'administration ne peuvent prendre ou conserver aucun intérêt ni occuper aucune fonction dans les entreprises traitant avec l'établissement pour des marchés de travaux, de fournitures et de prestations de services, ni assurer des prestations pour ces entreprises. A l'exception du président et des représentants du personnel, ils ne peuvent prêter leur concours à titre onéreux à l'établissement.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour. Il est également convoqué par le président à la demande du ministre chargé de la culture ou à celle de la majorité de ses membres qui, dans ce cas, proposent l'ordre du jour de la séance.
En cas de vacance, d'absence ou d'empêchement du président, le conseil d'administration peut être convoqué par l'administrateur général. Le conseil d'administration élit alors un président de séance parmi les personnalités mentionnées au 3° de l'article 9.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres est présente, suppléée ou représentée. Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors sans condition de quorum.
Les membres du conseil d'administration désignés au 3° de l'article 9 peuvent donner, par écrit, mandat à un autre membre de les représenter à une séance. Chaque membre ne peut recevoir qu'un seul mandat.
Le directeur scientifique et des collections, l'administrateur général, le directeur régional des affaires culturelles de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative. Le président peut appeler à participer aux séances toute autre personne dont il juge la présence utile.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement.
Il délibère notamment sur :
1° La politique scientifique et culturelle de l'établissement qui, dans le cadre des orientations fixées par l'Etat et après avis du conseil d'orientation scientifique, comprend notamment le projet scientifique et culturel, la politique d'acquisition des biens culturels destinés à faire partie des collections du musée, la programmation des expositions temporaires et les orientations de la programmation des autres activités culturelles ;
2° Le projet de contrat pluriannuel prévu à l'article 4 et le rapport de performance qui rend compte chaque année de son exécution ;
3° Le rapport annuel d'activité ;
4° La participation de l'établissement public à des unités de recherche ou leur création au sein de l'établissement ;
5° La politique tarifaire de l'établissement ;
6° Le budget et ses modifications ;
7° Le compte financier de l'exercice clos et l'affectation des résultats ;
8° L'acceptation ou le refus des dons et legs autres que ceux consistant en biens culturels destinés à prendre place dans les collections du musée ;
9° Les projets de conventions d'utilisation des immeubles conclues en application de l'article 7 ;
10° La programmation des travaux exécutés en application de l'article 7 ;
11° Les projets de vente, de location, d'achat et de prise à bail d'immeubles ;
12° Les catégories de contrats qui, en raison de leur nature ou du montant financier engagé, doivent lui être soumis pour approbation et celles dont il délègue la responsabilité au président ;
13° Les actions en justice et les transactions ;
14° Les conditions générales d'emploi et de rémunération des agents contractuels ;
15° Les principes d'organisation de l'établissement ;
16° Les concessions, les autorisations d'occupation et d'exploitation du domaine public et les délégations de service public ;
17° Les prises, extensions et cessions de participations, les créations de filiales et la participation à des groupements d'intérêt public, à des établissements publics de coopération culturelle ou à des associations ;
18° Les conditions générales dans lesquelles les espaces de l'établissement sont occupés par des organismes extérieurs pour des manifestations exceptionnelles ;
19° Le règlement intérieur de l'établissement et le règlement de visite du musée.
Le conseil d'administration peut déléguer au président certaines des attributions prévues aux 8°, 13° et 16°, dans les conditions qu'il détermine. Le président rend compte des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation dès la séance qui leur fait suite.
En cas d'urgence, les délibérations prévues au 11° en ce qui concerne les baux d'immeubles peuvent être prises après consultation écrite des membres du conseil d'administration. Ces décisions doivent être ratifiées par le conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance.

Les délibérations du conseil d'administration, autres que celles mentionnées aux alinéas suivants, deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la culture s'il n'y a pas fait opposition dans ce délai. Il en est de même des décisions du président prises par délégation du conseil d'administration en application de l'article 13, sous réserve, pour les décisions relatives aux transactions, de l'accord du contrôleur budgétaire.
Les délibérations relatives aux 5° et 15° de l'article 13 deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la culture et le ministre chargé du budget si aucun d'entre eux n'y a fait opposition dans ce délai. Celles relatives au 14° du même article deviennent exécutoires sous les mêmes conditions, mais dans un délai d'un mois.
Pour devenir exécutoires, les délibérations relatives aux 1° et 17° de l'article 13 doivent faire l'objet d'une approbation expresse du ministre chargé de la culture ; celles relatives aux 11° et 17° du même article doivent faire en outre l'objet d'une approbation expresse du ministre chargé du budget.
Les délibérations portant sur le budget ou sur ses modifications ainsi que sur le compte financier mentionnés respectivement au 6° et au 7° de l'article sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret du 7 novembre 2012 susvisé.

Le président dirige l'établissement public.
A ce titre :
1° Il arrête l'ordre du jour des séances du conseil d'administration, prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;
2° Il arrête, après avis du conseil d'orientation scientifique et en tenant compte du projet scientifique et culturel, la programmation annuelle et pluriannuelle des manifestations culturelles et scientifiques de l'établissement. Il négocie le projet de contrat pluriannuel mentionné à l'article 4 et établit le projet annuel de rapport de performance ;
3° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
4° Il peut créer des régies d'avances et des régies de recettes, sur avis conforme de l'agent comptable dans les conditions fixées par le décret du 20 juillet 1992 susvisé ;
5° Il peut prendre, en cas d'urgence et après avis du contrôleur budgétaire, des budgets rectificatifs conformément aux dispositions de l'article 177 du décret du 7 novembre 2012 susvisé ;
6° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
7° Il a autorité sur l'ensemble des services et des personnels de l'établissement. Il gère le personnel. Il recrute les personnels contractuels. Il donne son avis sur l'affectation des personnels titulaires à l'établissement, sauf lorsque l'affectation est consécutive à un concours. Il affecte les personnels dans les différents services de l'établissement ;
8° Il préside le comité technique d'établissement public et le comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail ;
9° Il signe les contrats et conventions engageant l'établissement ;
10° Il conclut les transactions et passe les actes d'acquisition, d'échange et de d'immeubles, autorisés dans les conditions prévues à l'article 13 ;
11° Il décide, au nom de l'Etat, des acquisitions réalisées dans les conditions prévues à l'article 6 ;
12° Dans les conditions prévues à l'article 6 et sous réserve des dispositions des articles L. 1121-2 et L. 1121-3 du code général de la propriété des personnes publiques, il accepte, pour le compte de l'Etat, les dons et legs qui consistent en des œuvres ou objets destinés à prendre place dans les collections dont l'établissement a la garde ;
13° Il fixe les droits d'entrée et les tarifs dans le respect de la politique définie par le conseil d'administration ;
14° Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.

Sauf en ce qui concerne les actes visés au 1°, au 2° et au 5° de l'article 15, le président peut déléguer sa signature à l'administrateur général et aux responsables des services de l'établissement et, en cas d'empêchement de ceux-ci, aux autres agents placés sous son autorité.
En cas de vacance ou d'empêchement du président, pour quelque cause que ce soit, les fonctions d'ordonnateur sont provisoirement exercées par l'administrateur général pour l'exécution courante des recettes et des dépenses de l'établissement.

Le directeur scientifique et des collections est nommé par arrêté du ministre chargé de la culture sur proposition du président de l'établissement. Il occupe un emploi relevant des dispositions du décret du 30 décembre 1986 susvisé.
Il est chargé, sous l'autorité du président, de la politique scientifique, artistique, d'enseignement et de recherche de l'établissement. Il est vice-président du conseil d'orientation scientifique. Il dirige le grand département mentionné à l'article 3. Il est responsable de la conservation, de la protection, de la restauration, de la gestion, de la mise en valeur et de la présentation au public des collections inscrites sur les inventaires du musée ainsi que de l'étude scientifique desdites collections. Il propose le programme des expositions et concourt à la programmation des manifestations culturelles.

L'administrateur général est nommé par arrêté du ministre chargé de la culture sur proposition du président de l'établissement.
Il est chargé, sous l'autorité de ce dernier, de l'administration et de la gestion de l'établissement. Il prépare et met en œuvre les décisions du président et du conseil d'administration. Il prépare et exécute le budget et assure la gestion administrative et financière de l'établissement.

Le conseil d'orientation scientifique est consulté sur la politique culturelle et scientifique de l'établissement, notamment sur :
1° Les questions scientifiques et muséologiques et sur les orientations de la politique culturelle de l'établissement avant qu'elles soient soumises au conseil d'administration, notamment sur le projet scientifique et culturel ;
2° Les orientations de la politique d'acquisition de biens culturels ;
3° La programmation des expositions, des éditions et des autres actions de diffusion culturelle ;
4° La programmation de la recherche et les projets de conventions de recherche avec d'autres organismes ;
5° Les orientations dans le domaine de l'éducation et de la formation ;
6° La politique de valorisation du patrimoine matériel et immatériel confié à la garde de l'établissement ou dont il a la propriété ;
7° Les orientations de l'action internationale dans les domaines mentionnés au présent article ;
8° Toute autre question qui lui est soumise par le président, le conseil d'administration ou le directeur scientifique et culturel.
Le président du conseil scientifique peut inviter à assister aux séances toute personne dont il juge la présence utile. L'administrateur général assiste aux réunions du conseil scientifique, avec voix consultative.
Le conseil d'administration est tenu informé des avis formulés par le conseil d'orientation scientifique.

Le conseil d'orientation scientifique est présidé par le président de l'établissement.
Il comprend, outre le directeur scientifique et des collections de l'établissement, vice-président :
a) Des membres de droit :
― le responsable du service chargé des musées de France ou son représentant ;
― le chef de la délégation à l'inspection, à la recherche et à l'innovation ou son représentant ;
― le directeur du patrimoine et des collections du musée du quai Branly-Jacques Chirac y ou son représentant ;
― le directeur général du Centre national de la recherche scientifique ou son représentant ;
b) Deux conservateurs du musée élus par leurs pairs pour une durée de trois ans dans des conditions fixées par le président de l'établissement ;
c) Deux responsables de l'établissement, dont un chargé du développement culturel et de l'action internationale, désignés par le président de l'établissement pour une durée de trois ans ;
d) Huit personnalités qualifiées françaises ou étrangères nommées par arrêté du ministre chargé de la culture dont deux sur proposition du ministre chargé de la recherche, pour une durée de trois ans ;
e) Un représentant de la conservation des musées de Marseille désigné pour une durée de trois ans par le maire de Marseille.
En cas de vacance de siège d'une personnalité qualifiée, pour quelque cause que ce soit, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir, sauf si la vacance intervient moins de six mois avant l'échéance du mandat.