Le conseil scientifique comprend, outre le directeur de l'institut, quinze membres, dont huit au moins doivent être habilités à diriger des recherches :

1° Un représentant d'un organisme public de recherche nommé par le ministre de l'agriculture ;

2° Sept personnalités extérieures à l'établissement nommées par le ministre de l'agriculture en raison de leur compétence scientifique ou professionnelle ;

3° Trois représentants élus des professeurs et personnels assimilés de l'établissement ;

4° Un représentant élu des maîtres de conférences titulaires d'une habilitation à diriger des recherches ;

5° Deux représentants élus des autres maîtres de conférences ;

6° Un représentant élu des élèves inscrits en troisième cycle.

Le président de ce conseil est élu parmi les personnalités extérieures à l'établissement.

Le directeur peut se faire assister ou représenter aux séances par toute personne de son choix.