La mission débute à l'heure de départ de la résidence administrative et se termine à l'heure de retour dans cette même résidence.
L'indemnité de nuitée est calculée à partir de la destination principale de la mission. Le lieu d'hébergement ne peut être considéré comme point de déclenchement de l'indemnité de nuitée.

Lorsque l'agent se trouve en mission en dehors de ses résidences familiale et administrative pendant la totalité de la période comprise entre 0 heure et 5 heures, les frais et taxes d'hébergement peuvent donner lieu à remboursement, sur présentation d'un justificatif de paiement de l'hébergement et dans la limite des taux forfaitaires fixés au a de l'article 1er de l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités de mission, sous réserve de l'impossibilité de recourir aux prestations prévues à l'article 3 pour les raisons énumérées à l'article 4 du présent arrêté.
Aucune indemnité n'est due si l'agent est hébergé gratuitement ou en l'absence de justificatif de paiement de l'hébergement.

Le chef de service peut autoriser le remplacement de la résidence administrative par la résidence familiale pour tenir compte de certaines situations, soit pour l'aller et le retour, soit pour l'aller, soit pour le retour. Il le précise dans l'ordre de mission.

Jusqu'à leur remboursement par l'administration et à l'exception des justificatifs relatifs aux frais et taxes d'hébergement, l'agent conserve les justificatifs de paiement des frais de déplacements temporaires prévus au présent arrêté dans la limite d'un montant total de l'état de frais fixé à 30 euros toutes taxes comprises, hors indemnités forfaitaires de repas et d'hébergement qui ne sont pas pris en compte dans ce montant.
La communication de ces justificatifs de paiement à l'administration n'est requise qu'en cas de demande expresse de l'ordonnateur.
Dès lors que l'ordre de mission n'est pas conforme à la commande effectuée auprès d'un prestataire sous contrat ou convention avec le ministère de l'agriculture et de l'alimentation et respectant le code de la commande publique, les pièces justificatives afférentes aux frais de déplacement temporaire font l'objet d'une communication par l'agent à l'administration.
L'ordonnateur conserve ces titres. Dans le cas où ces pièces sont adressées par voie dématérialisée, les originaux doivent toujours être transmis à l'ordonnateur à l'issue de la mission.

Les prolongations de séjour à l'initiative de l'agent pour convenance personnelle les week-ends ou par la prise de congés précédant ou suivant la mission sont déduites de la durée de la mission pour le calcul du montant de l'indemnisation. Les dates et heures de début et de fin de mission donnant lieu à une prise en charge des frais de déplacement par l'administration sont indiquées sur l'ordre de mission. Les frais engagés par l'agent en dehors de la durée de la mission restent à sa charge.
Le billet retour est pris en charge uniquement si le voyage est effectué depuis le lieu principal de la mission.

Les justificatifs doivent comporter au minimum :

- les dates du déplacement professionnel ;
- les noms de l'ensemble des agents en mission ou de l'ensemble des agents hébergés dans le même logement ;
- le détail des montants acquittés individuellement par chaque occupant ;
- le cas échéant, le coût de l'hébergement, qui est transmis à l'ordonnateur, conformément aux dispositions figurant à l'article 12 du présent arrêté.

L'agent fait connaître les prestations en nature et les indemnités qu'il reçoit d'un organisme invitant, afin que celles-ci soient déduites des frais de mission pris en charge.

L'agent reconnu en qualité de travailleur handicapé et en situation de mobilité réduite qui se déclare auprès de son autorité hiérarchique sera remboursé sur la base de 120 € conformément au b de l'article 1er de l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités de mission.

En cas de nécessité de service, l'agent en mission peut se faire rembourser, sur présentation de factures originales, les frais engagés pour la délivrance d'un passeport, d'un visa, pour participation à des séminaires ou colloques ou pour des vaccins ou prescriptions médicales obligatoires ou recommandés par l'autorité sanitaire compétente ainsi que tout examen biologique de dépistage virologique règlementairement imposé.
De même, l'agent doit recourir aux prestations d'assurance de voyage du titulaire sous contrat ou convention avec le ministère de l'agriculture et de l'alimentation et respectant le code de la commande publique.