La commission est présidée par le directeur des ressources humaines du ministère de la défense ou son représentant.
La commission élabore son règlement intérieur qui est soumis à l'approbation du directeur des ressources humaines du ministère de la défense.
Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut n'être pas membre de la commission. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance.

La commission se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président, à son initiative ou, dans le délai maximal de deux mois, sur demande écrite de la moitié au moins des représentants titulaires du personnel.
La commission émet un avis à la majorité des membres présents. S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Les abstentions sont admises.
Pour délibérer valablement, les trois quarts au moins des membres de la commission doivent être présents lors de l'ouverture de la réunion.
Les suppléants sont convoqués aux séances de la commission sans pouvoir prendre part aux débats. Ils n'ont voix délibérative qu'en l'absence des titulaires qu'ils remplacent.
Les séances de la commission ne sont pas publiques.

Lorsqu'un agent relevant du décret du 3 octobre 1949 susvisé a accès, par voie d'avancement, à un niveau supérieur, les collèges concernés siègent en formation commune. Seuls les représentants du personnel titulaires, ou leurs suppléants, et un nombre égal de représentants de l'administration sont alors appelés à délibérer.

En matière disciplinaire, la commission siège, par collège, en formation restreinte.
La commission peut également être convoquée par collège en formation restreinte pour débattre de questions n'intéressant pas les autres collèges.
Dans ces cas, les représentants du personnel titulaires et suppléants, élus au titre du collège dont relève l'agent, ainsi qu'un nombre égal de représentants de l'administration sont appelés à délibérer.
En formation restreinte, pour délibérer valablement, la moitié au moins des membres du collège doit être présente lors de l'ouverture de la réunion.
Dans les autres cas, la commission siège en assemblée plénière.

Toutes facilités doivent être données aux membres de la commission pour exercer leurs fonctions.
L'ordre du jour de chaque réunion est porté à la connaissance de l'ensemble des membres, titulaires et suppléants, un mois au moins avant la tenue de la séance. Les représentants du personnel appelés à siéger sont réunis deux jours avant la réunion de la commission dans un local prévu à cet effet et communication leur est faite de toutes pièces et documents leur permettant de préparer les travaux de la commission.
Les membres de la commission sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle en ce qui concerne tous les faits et documents dont ils ont eu connaissance en cette qualité.
Une autorisation d'absence est accordée aux représentants du personnel pour leur permettre de participer aux réunions de cette commission, sur simple présentation de leur convocation. La durée de cette autorisation est calculée en tenant compte des délais de route, de la durée de la réunion, et augmentée d'un temps suffisant, d'au maximum deux jours, afin de mettre les intéressés en mesure d'assurer la préparation et le compte rendu des travaux de la commission.
Les membres de la commission ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions dans cette commission. Ils sont toutefois indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées par le décret du 3 juillet 2006 susvisé.

L'arrêté relatif à la commission paritaire d'avancement et de discipline des agents sur contrat du ministère de la défense en date du 12 juillet 2001 est abrogé.

Le directeur des ressources humaines du ministère de la défense est chargé de l'exécution du présent arrêté, qui sera publié au Journal officiel de la République française.