Les commissions interrégionales de la recherche archéologique sont au nombre de sept. Le ressort territorial et le siège de ces commissions sont fixés en annexe, laquelle peut être modifiée par décret.
Elles sont présidées par le préfet de la région dans laquelle la commission interrégionale a son siège, ou par son représentant.

Chaque commission interrégionale est compétente pour les questions relatives aux recherches archéologiques qui relèvent de son ressort territorial.
Elle procède à l'évaluation scientifique des opérations archéologiques et de leurs résultats. Elle examine pour chaque région le bilan de l'année écoulée et le programme de l'année à venir et formule toute proposition et tout avis sur l'ensemble de l'activité archéologique, y compris pour le développement des études et des publications.
Elle participe à l'élaboration de la programmation scientifique et établit, à l'issue de son mandat, un rapport sur l'activité de la recherche archéologique dans son ressort.
A ce titre, la commission interrégionale, saisie par le préfet de région, ou en Corse, par le préfet de Corse :
1° Emet un avis sur les demandes d'autorisation de fouilles dans les conditions de l'article L. 531-1 du code du patrimoine et de l'article 2 du décret du 27 mai 1994 susvisé ainsi que sur les opérations de fouilles préventives soumises à autorisation en application du deuxième alinéa de l'article L. 523-9 du code du patrimoine ;
2° Emet un avis conforme avant le retrait d'une autorisation de fouilles dans les conditions de l'article L. 531-6 du code du patrimoine et de l'article 55 du décret du 3 juin 2004 susvisé ;
3° Emet un avis sur les projets de définition de zones de présomption de prescription archéologique préventive dans les conditions de l'article 5 du décret du 3 juin 2004 susvisé ;
4° Formule une proposition sur le montant de l'indemnité spéciale due en cas de retrait de l'autorisation de fouilles au profit de l'Etat en application de l'article L. 531-8 du code du patrimoine ;
5° Emet un avis avant toute décision prolongeant la durée de l'intervention archéologique préventive en cas de découverte d'importance exceptionnelle dans les conditions de l'article 43 du décret du 3 juin 2004 susvisé ;
6° Evalue les rapports de fouilles préventives conformément à l'article 57 du décret du 3 juin 2004 susvisé ;
7° Emet un avis préalablement aux décisions relatives aux vestiges immobiliers visées par les articles 63 et 64 du décret du 3 juin 2004 susvisé.
A la demande du ministre chargé de la culture, elle émet un avis sur les opérations archéologiques sous-marines dans les cas définis aux articles 7, 8, 11, 13, 15 et 16 du décret du 5 décembre 1991 susvisé.

La commission interrégionale peut également être consultée sur toute question qui lui est soumise par le préfet de région ou, en Corse, par le préfet de Corse, notamment dans les cas suivants :
1° Avant de fixer le délai de réalisation du diagnostic et le délai de remise du rapport, en cas de désaccord entre l'opérateur et l'aménageur, dans les conditions de l'article 30 du décret du 3 juin 2004 susvisé ;
2° Avant l'engagement d'une procédure d'exécution d'office de fouilles ou de sondages, prévue par l'article L. 531-9 du code du patrimoine ;
3° Avant d'adopter des mesures en vue d'assurer la conservation des vestiges, notamment en cas de découverte fortuite ;
4° Avant de se prononcer sur les demandes d'utilisation de matériel permettant la détection d'objet pouvant intéresser la Préhistoire, la Protohistoire, l'histoire, l'art ou l'archéologie ;
5° Avant de renoncer à prescrire des fouilles sur un site connu ou révélé par un diagnostic et menacé de destruction.

Les six commissions interrégionales métropolitaines comprennent chacune, outre leur président, huit membres compétents pour les recherches archéologiques, nommés par le préfet de région sur proposition du directeur régional des affaires culturelles de la région siège de la commission, à savoir :
a) Un directeur de recherche, un chargé de recherche ou un ingénieur du Centre national de la recherche scientifique, après avis des sections compétentes du Comité national de la recherche scientifique ;
b) Un professeur, un maître de conférences des universités, ou un membre des personnels qui leur sont assimilés, après avis des sections compétentes du Conseil national des universités ;
c) Un conservateur général du patrimoine, un conservateur du patrimoine, un ingénieur de recherche, un ingénieur d'étude ou un assistant ingénieur compétent en matière d'archéologie et affecté dans une direction régionale des affaires culturelles, à la direction de l'architecture et du patrimoine ou dans un service à compétence nationale en relevant ;
d) Un agent d'une collectivité territoriale compétent en matière d'archéologie ;
e) Trois spécialistes choisis en raison de leur compétence en matière d'archéologie ;
f) Un agent de la filière scientifique et technique de l'Institut national de recherches archéologiques préventives, après avis du conseil scientifique de cet établissement public.
Un inspecteur général de l'architecture et du patrimoine compétent en matière d'archéologie, désigné par le ministre chargé de la culture, assiste aux séances avec voix consultative.
Dans chaque commission, au moins trois membres n'ont pas leur résidence administrative dans le ressort des régions sur le territoire desquelles s'exerce la compétence de celle-ci.

La commission interrégionale de l'outre-mer comprend, outre son président, six membres compétents pour les recherches archéologiques, nommés par le préfet de région présidant la commission sur proposition du directeur régional des affaires culturelles de la région siège, à savoir :
a) Quatre spécialistes, français ou étrangers, dont au moins un professeur, un maître de conférence des universités ou un membre des personnels qui leur sont assimilés, choisis en raison de leur compétence en matière de recherche scientifique outre-mer ;
b) Un conservateur général du patrimoine, un conservateur du patrimoine, un ingénieur de recherche, un ingénieur d'étude ou un assistant ingénieur compétent en matière d'archéologie et affecté dans une direction régionale des affaires culturelles, à la direction de l'architecture et du patrimoine ou dans un service à compétence nationale en relevant ;
c) Un agent de la filière scientifique et technique de l'Institut national de recherches archéologiques préventives, après avis du conseil scientifique de cet établissement public.
Un inspecteur général de l'architecture et du patrimoine compétent en matière d'archéologie nommé par le ministre chargé de la culture assiste aux séances avec voix consultative.

Le secrétariat de la commission interrégionale est assuré par la direction régionale des affaires culturelles de la région où elle siège.
Les moyens nécessaires au fonctionnement de la commission interrégionale sont fournis par cette direction.

Les membres des commissions interrégionales de la recherche archéologique sont désignés en tenant compte de l'équilibre entre les différents domaines scientifiques constituant la discipline.
La durée de leur mandat est de quatre ans. En cas de vacance, quelle qu'en soit la cause, ou perte de la qualité au titre de laquelle il a été désigné, survenant plus de six mois avant la date à laquelle le mandat de l'intéressé aurait normalement expiré, un nouveau membre est désigné dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir.
Les membres des commissions interrégionales ne peuvent exercer plus de deux mandats consécutifs, sauf si le premier de ces mandats n'a pas excédé un an.

Chaque commission interrégionale de la recherche archéologique se réunit au moins deux fois par an.
Les responsables scientifiques des services chargés de l'archéologie au sein des directions régionales des affaires culturelles de chacune des régions concernées, et le chef du département des recherches archéologiques subaquatiques et sous-marines, ou leurs représentants assistent avec voix consultative aux réunions.
Chaque commission interrégionale peut inviter à participer à ses réunions toute personne dont elle juge la présence utile ; elle peut entendre des experts choisis en dehors d'elle ou en désigner pour toute mission qu'elle juge nécessaire, notamment parmi les personnalités qualifiées mentionnées au 2° de l'article 10.
Le président de la commission interrégionale de la recherche archéologique peut mandater un ou plusieurs membres de la commission qu'il choisit en raison de leur spécialité, pour effectuer toute mission, émettre toute préconisation scientifique et technique. Il en informe les autres membres de la commission. Le ou les membres ainsi désignés rendent compte de leur mission et de leurs préconisations lors de la plus prochaine réunion de la commission.
Chaque commission interrégionale de la recherche archéologique adopte un règlement intérieur.

En cas d'urgence, et notamment dans les cas prévus à l'article 43 du décret du 3 juin 2004 susvisé, les préconisations formulées par les membres mandatés en application du quatrième alinéa de l'article 23 valent avis de la commission interrégionale.