Le contrôle de l'aptitude médicale à servir du personnel militaire relève de l'exercice de la médecine d'armée faisant l'objet de l'arrêté du 20 décembre 2012 susvisé et ne peut être réalisé que par les médecins des armées relevant du service de santé des armées.
Lors des visites médicales prévues par l'arrêté précité, le médecin des armées, qu'il soit ou non adjoint en charge de la médecine de prévention, détermine l'aptitude particulière aux conditions d'emploi qui justifient d'une surveillance médicale renforcée, en application des dispositions du troisième alinéa de l'article R. 4624-18 du code du travail, ou d'une surveillance adaptée, en application de l'article 7 du décret du 29 mars 2012 susvisé.

Les données recueillies au cours des visites d'aptitude sont consignées dans les documents médicaux et médico-administratifs mentionnés dans l'arrêté 20 décembre 2012 susvisé.
Des propositions d'adaptation ou d'aménagement de postes de travail prenant en compte l'état de santé du militaire examiné sont, en tant que de besoin, mentionnées sur le certificat médico-administratif établi à l'issue des visites médicales.

A l'exception des militaires classés en catégorie A vis-à-vis des rayonnements ionisants qui bénéficient d'un suivi de leur état de santé selon la périodicité prévue à l'article R. 4451-84 du code du travail, la surveillance médicale renforcée comprend la réalisation d'une visite médicale périodique au moins tous les vingt-quatre mois.
Au cours de ces visites, le médecin des armées réalisant la surveillance médicale du personnel militaire peut prescrire, dans le cadre de la médecine de prévention, tout examen complémentaire ou consultation spécialisée nécessaires :
― à la détermination de l'aptitude au poste de travail ;
― au dépistage d'une maladie en lien avec les expositions professionnelles ;
― au dépistage des maladies dangereuses pour l'entourage au poste de travail.
Ces examens et consultations complémentaires sont pris en charge par le service de santé des armées. Le militaire s'y rend dans le cadre d'une mission pour laquelle les dépenses de transport et les indemnités de mission afférentes sont à la charge de l'autorité d'emploi.
La détermination de l'aptitude des militaires relevant d'une surveillance médicale renforcée s'effectue obligatoirement et préalablement à l'affectation effective au poste de travail considéré.
Sous l'autorité du médecin adjoint chargé de la médecine de prévention, et après accord du directeur régional du service de santé des armées dont il relève, des modalités particulières de surveillance médicale prenant en compte la coopération entre professionnels de santé peuvent être mise en place, sans déroger à la périodicité de deux ans.

Entre deux visites programmées, le personnel militaire relevant des dispositions de l'article 10 peut bénéficier, à sa demande, à celle du médecin examinateur ou de son autorité hiérarchique, d'une visite médicale visant à réévaluer son aptitude.

Les médecins adjoints chargés de la médecine de prévention ont libres accès aux lieux de travail pour réaliser des actions en milieu de travail se rapportant aux postes occupés par le personnel militaire affecté au ministère de la défense. Ces praticiens analysent les postes de travail concernés et signalent par écrit aux chefs d'organismes les dysfonctionnements graves qu'ils pourraient constater et, le cas échéant, formulent des propositions motivées pour y remédier.
En application de l'article 45 du décret du 29 mars 2012 susvisé, ils peuvent également demander aux chefs d'organisme de faire réaliser des expertises, des prélèvements ou des mesures en milieu de travail.

Les médecins adjoints en charge de la médecine de prévention, ou en cas d'empêchement un autre médecin des armées, participent aux réunions des commissions consultatives d'hygiène et de prévention des accidents prévues à l'article 30 du décret du 29 mars 2012 susvisé.

Les conclusions médicales d'aptitude ou d'inaptitude, à servir ou à l'emploi, partielles ou totales, peuvent donner lieu à un recours selon les modalités mentionnées à l'arrêté du 20 décembre 2012 susvisé.