Le service de santé des armées fixe les règles d'organisation et de fonctionnement de l'exercice de la médecine de prévention dont bénéficie le personnel militaire affectés au ministère de la défense.
Le directeur central du service de santé des armées est consulté sur les dispositions réglementaires relatives à la santé et à la sécurité au travail au ministère de la défense dès lors qu'elles comportent des dispositions ayant des implications médicales ou des répercussions sur l'organisation et les conditions d'exercice de la médecine de prévention au profit du personnel militaire.

Conformément à l'article 38 du décret du 29 mars 2012 susvisé, le directeur central du service de santé des armées désigne un praticien qualifié en médecine du travail, dénommé coordonnateur national de la médecine de prévention du ministère, pour apporter son conseil technique et son expertise à la sous-direction en charge de la mise en œuvre et du pilotage de la médecine d'armée à la direction centrale du service de santé des armées.
Ce praticien centralise et exploite les données et les rapports annuels de synthèse transmis par les directions régionales ou interarmées du service de santé des armées concernant l'exercice de la médecine de prévention réalisée au profit du personnel militaire. La synthèse chiffrée est transmise à l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées.

Le directeur régional du service de santé des armées dispose d'un praticien des armées qualifié en médecine du travail, désigné par la direction centrale du service de santé des armées, pour exercer à son profit les fonctions de conseiller et d'expert régional en ce qui concerne l'exercice de la médecine de prévention mise en œuvre au profit du personnel militaire affecté au ministère de la défense.

Le conseiller et expert régional en médecine de prévention exploite les rapports annuels de médecine de prévention rédigés par les médecins des armées en charge de l'exercice de la médecine de prévention du personnel militaire affecté au ministère de la défense. Il propose une synthèse de ces rapports au directeur régional du service de santé des armées dont il relève. Cette synthèse est transmise à la direction centrale du service de santé des armées et à l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées.
Le conseiller et expert régional en médecine de prévention est chargé, sous l'autorité du directeur régional, de l'organisation d'une formation continue en médecine de prévention destinée aux médecins des armées exerçant cette activité. Cette formation est placée sous l'autorité pédagogique de l'école du Val-de-Grâce.
Le conseiller et expert régional en médecine de prévention transmet aux médecins des armées exerçant la médecine de prévention les directives techniques émanant de la direction centrale du service de santé des armées.
En plus de ses actions de conseil, d'expertise et de formation, le conseiller et expert régional en médecine de prévention organise et coordonne la supervision de l'activité en médecine de prévention exercée par les médecins des armées concernés.

Les médecins des armées des centres médicaux du service de santé des armées sont en charge de l'exercice de la médecine de prévention au profit du personnel militaire affecté au ministère de la défense dont ils assurent le soutien médical.

Le directeur régional du service de santé désigne parmi les médecins qui relève de son autorité technique des médecins des armées chargés de la médecine de prévention du personnel militaire, dénommés médecins adjoints chargés de la médecine de prévention.
Ces médecins des armées bénéficient prioritairement de la formation mise en place au titre de l'article 6 du présent arrêté.
Ils sont en charge, chacun pour ce qui le concerne, de la rédaction du rapport annuel de médecine de prévention mentionné à l'article 6 du présent arrêté.
Ils contribuent à l'harmonisation des pratiques médicales dans le domaine particulier de la médecine de prévention en s'assurant notamment de la diffusion auprès des autres médecins du centre médical du service de santé des armées, des directives élaborées par la direction centrale ou la direction régionale du service de santé de rattachement.

Pour l'exercice des activités en rapport avec la médecine de prévention, les médecins des armées sont supervisés par un médecin superviseur de médecine de prévention. Ce médecin est désigné par le directeur régional pour chaque secteur géographique proposé par le conseiller et expert régional.
Ce praticien qualifié en médecine du travail, affecté au sein du service de médecine de prévention du ministère de la défense mentionné à l'article 37 du décret du 29 mars 2012, apporte son aide et ses conseils aux médecins des armées du secteur pour lequel il a été désigné. Il réalise des visites de supervision au cours desquelles il s'assure notamment du respect des recommandations de bonnes pratiques en vigueur dans le domaine de la médecine du travail. Les médecins adjoints en charge de la médecine de prévention des militaires sont les correspondants attitrés du médecin superviseur.