La commission consultative paritaire est présidée par le directeur général de l'agence. En cas d'empêchement du président, la commission est présidée par un représentant de l'administration qu'il désigne.

La commission élabore son règlement intérieur selon le règlement type prévu à l'article 29 du décret du 28 mai 1982 susvisé. Il est soumis à l'approbation du directeur général de l'agence. Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission.
Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission.

La commission se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président, à son initiative ou, dans le délai maximal de trois semaines, sur demande écrite de la moitié au moins des représentants titulaires du personnel.

Les suppléants peuvent assister aux séances de la commission. Ils n'ont voix délibérative qu'en l'absence des membres titulaires qu'ils suppléent.
Le président de la commission peut convoquer des experts à la demande de l'administration ou à la demande des représentants du personnel afin qu'ils soient entendus sur un point inscrit à l'ordre du jour. Les experts ne peuvent assister qu'à la partie des débats relative aux questions pour lesquelles leur présence a été demandée, à l'exclusion du vote.

La commission est saisie par son président ou sur demande écrite signée par la moitié au moins des représentants titulaires du personnel de toute question relevant de sa compétence. Elle émet un avis à la majorité des membres présents.
S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires de la commission, le vote a lieu à bulletin secret. En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition adoptée. Les abstentions sont admises.
Lorsque le directeur général de l'agence prend une décision contraire à l'avis ou à la proposition émis par la commission, il informe par écrit la commission des motifs qui l'ont conduit à ne pas suivre la proposition ou l'avis émis.
Les séances des commissions ne sont pas publiques.

Les représentants du personnel ne peuvent siéger à la commission au moment où celle-ci est appelée à délibérer sur leur situation individuelle.

Toutes facilités doivent être données à la commission par l'administration pour lui permettre de remplir ses attributions. En outre, communication doit lui être donnée de tous documents et pièces nécessaires à l'accomplissement de sa mission huit jours au moins avant la date de la séance.
Une autorisation d'absence est accordée aux représentants du personnel pour leur permettre de participer aux réunions de la commission, sur simple présentation de leur convocation. La durée de cette autorisation est calculée en tenant compte des délais de route, de la durée prévisible de la réunion, et augmentée d'un temps égal à cette durée afin de mettre les intéressés en mesure d'assurer la préparation et le compte rendu des travaux de la commission.
Les membres de la commission sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle.

En cas de difficulté dans le fonctionnement de la commission, le directeur général de l'agence en rend compte au ministre en charge de l'environnement.

La commission ne délibère valablement qu'à la condition d'observer les règles de constitution et de fonctionnement édictées par le décret du 11 mai 2007 susvisé, le présent arrêté, ainsi que par son règlement intérieur.
En outre, les trois quarts au moins des membres doivent être présents lors de l'ouverture de la réunion. Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans un délai de huit jours aux membres de la commission, qui siège alors valablement si la moitié de ses membres est présente.

Le directeur de l'eau et les directeurs généraux des agences de l'eau sont chargés, chacun en ce qui le concerne, de l'exécution du présent arrêté, qui sera publié au Journal officiel de la République française.