Le service de santé des armées fixe les règles d'organisation et de fonctionnement du service de médecine de prévention du ministère. Il veille à leur mise en œuvre et prend, le cas échéant, les mesures nécessaires à l'amélioration de leur efficience.
Le directeur central du service de santé des armées est consulté sur les dispositions règlementaires relatives à la prévention des accidents du travail et des maladies professionnelles ou qui ont trait à la santé et à la sécurité du travail dès lors qu'elles comportent des dispositions ayant des implications médicales ou des répercussions sur l'organisation et le fonctionnement du service de médecine de prévention.

Le directeur central du service de santé des armées désigne un praticien qualifié en médecine du travail, dénommé « coordonnateur national de la médecine de prévention du ministère », conformément à l'article 38 du décret du 29 mars 2012 susvisé.
Référent médical du ministère en médecine de prévention, il conseille la direction des ressources humaines du ministère de la défense en charge de la politique ministérielle relative à la santé et à la sécurité au travail au ministère de la défense.
Par ailleurs :
― il assure la surveillance et la coordination de la médecine de prévention mise en œuvre au profit du personnel civil du ministère ;
― il participe au contrôle interne en rapport avec la gestion, l'administration et le fonctionnement du service de médecine de prévention ;
― il centralise et exploite les données et les rapports annuels de synthèse transmis par les directions régionales du service de santé des armées. La copie de ces rapports et leur synthèse chiffrée sont adressées à l'inspection du travail dans les armées.

Une commission médico-technique est constituée au sein de la direction centrale du service de santé des armées. Elle formule des propositions relatives aux domaines organisationnels et aux actions à caractère pluridisciplinaire en matière de médecine de prévention.

Le service de médecine de prévention ministériel peut, en application de l'article 43 du décret du 29 mars 2012 susvisé, faire appel à des experts ou à des organismes du service de santé des armées pour réaliser des actions pluridisciplinaires, notamment dans les domaines de l'épidémiologie, de la radioprotection ou des risques psychosociaux.

Le directeur régional du service de santé des armées organise et gère le service régional de médecine de prévention placé sous son autorité.
A ce titre :
1° Il adapte, le cas échéant, les directives qu'il reçoit de la direction centrale du service de santé des armées aux spécificités locales ;
2° Il assure le contrôle interne du service régional en lien avec le médecin coordonnateur national ;
3° Il établit et actualise annuellement un plan d'organisation du service régional, après consultation éventuelle des autorités dont relèvent les organismes bénéficiaires ;
4° Il propose à la direction centrale du service de santé des armées les moyens en personnel et en matériel qu'il estime nécessaires.
Pour assurer ces missions, il dispose d'un praticien qualifié en médecine du travail, désigné par le directeur central du service de santé des armées. Ce médecin assure un rôle d'expert, de conseil et de coordination dans son domaine de compétence, au profit du directeur régional du service de santé des armées dont il relève, des médecins de prévention et des autorités d'emploi au niveau local et régional.
En métropole, les frais intrinsèquement liés à la prescription d'examens complémentaires par les médecins de prévention au titre de l'article 27 du présent arrêté ainsi que les coûts de l'externalisation de la médecine de prévention telle que mentionnée au 3° de l'article 39 du décret n° 2012-422 du 29 mars 2012 sont à la charge du service de santé des armées.