Les prescriptions archéologiques sont édictées par le préfet de région. Elles peuvent être immédiates ou postérieures au diagnostic.
Le responsable scientifique de toute opération d'archéologie préventive est désigné par le préfet de région.

Les prescriptions immédiates peuvent comporter la réalisation d'un diagnostic archéologique et, si des éléments du patrimoine archéologique présents sur le site sont déjà connus, l'obligation de conserver tout ou partie du site ou de modifier la consistance du projet.
La réalisation d'un diagnostic vise, par des études, prospections ou travaux de terrain, à mettre en évidence et à caractériser les éléments du patrimoine archéologique éventuellement présents sur le site. Lorsqu'il prescrit un diagnostic, le préfet de région définit l'emprise, les principes méthodologiques et les objectifs de celui-ci.

Les prescriptions postérieures au diagnostic peuvent comporter l'obligation d'effectuer des fouilles, de conserver tout ou partie du site ou de modifier la consistance du projet. Ces prescriptions peuvent être décidées, le cas échéant, conjointement ou successivement pour une même opération.

Lorsqu'il prescrit des fouilles, le préfet de région fixe les éléments nécessaires au calcul de la redevance.
La prescription de conservation de la totalité du site vaut interdiction d'exécuter les travaux.
Lorsqu'il prescrit la conservation d'une partie du site, le préfet de région définit les modalités de maintien en l'état des éléments du patrimoine archéologique.
Lorsqu'il prescrit une modification du projet, il précise notamment les changements d'assiette ou les aménagements techniques permettant de réduire l'effet de ce projet sur les vestiges archéologiques.

Le préfet de région peut prescrire, au titre de la sauvegarde par l'étude scientifique, toutes mesures, notamment la réalisation de fouilles, permettant de recueillir et d'exploiter l'information archéologique.

Lorsque des prescriptions archéologiques ont été formulées ou que le préfet a fait connaître son intention d'en formuler, les autorités qui délivrent les autorisations d'urbanisme et les autres autorisations mentionnées à l'article 1er assortissent lesdites autorisations d'une mention précisant que l'exécution de ces prescriptions est un préalable à la réalisation des travaux.
Lorsque ces travaux ont fait l'objet d'une autorisation et que, après réalisation d'un diagnostic, le préfet de région prescrit la conservation totale ou partielle du site ou la modification du projet, il informe le bénéficiaire que l'opération ne peut être réalisée dans les conditions initialement prévues. Une nouvelle autorisation ne peut alors être accordée qu'après dépôt d'un dossier tenant compte des prescriptions du préfet de région.

Le préfet de région dispose d'un mois à compter de la réception d'un dossier pour prescrire la réalisation d'un diagnostic ou faire connaître son intention d'édicter une ou plusieurs des autres prescriptions immédiates définies à l'article 9. Ce délai est porté à deux mois lorsque les aménagements, ouvrages ou travaux projetés sont soumis à étude d'impact.
En l'absence de prescriptions dans le délai mentionné à l'alinéa précédent, le préfet de région est réputé avoir renoncé à édicter celles-ci.
Lorsque le préfet fait connaître à l'autorité qui instruit la demande d'autorisation au titre de laquelle il a été saisi et à la personne qui projette les travaux son intention d'édicter des prescriptions immédiates autres que la réalisation d'un diagnostic, il doit arrêter leur contenu dans un délai qui ne peut dépasser trois mois à compter de la date à laquelle il a informé l'autorité qui instruit la demande d'autorisation. Passé ce délai, il est réputé avoir renoncé à édicter de telles prescriptions.

Les prescriptions archéologiques sont notifiées à l'Institut national de recherches archéologiques préventives et aux personnes mentionnées au dernier alinéa de l'article précédent.

Lorsque le préfet de région prescrit un diagnostic, l'Institut national de recherches archéologiques préventives lui transmet, dans un délai de vingt jours à compter de la date à laquelle il a reçu notification de sa décision, un projet détaillant la mise en oeuvre de cette prescription.
Le préfet de région dispose d'un délai de huit jours à compter de la réception du document pour formuler ses observations. Si le projet n'est pas conforme à la prescription qu'il a édictée, il demande à l'établissement public, après avoir, le cas échéant, saisi pour avis la commission interrégionale de la recherche archéologique prévue au titre II du décret du 27 mai 1994 susvisé, de modifier ce document. Il fixe à cet effet le délai, qui ne peut excéder quinze jours, imparti à l'établissement pour cette modification.
Le délai fixé au premier alinéa et le délai de huit jours fixé au deuxième alinéa sont respectivement portés à trente jours et quinze jours lorsque la prescription édictée par le préfet de région concerne des aménagements, ouvrages ou travaux soumis à étude d'impact.

Le préfet de région dispose d'un délai de trois mois, à compter de la réception du rapport de diagnostic établi par l'Institut national de recherches archéologiques préventives, pour arrêter le contenu des prescriptions postérieures au diagnostic. La date de réception du rapport est notifiée par le préfet de région à l'autorité qui instruit la demande d'autorisation et à la personne qui projette les travaux.
Dans le cas où le diagnostic a déjà été réalisé en application de l'article 7, le délai de trois mois court à compter de la réception du dossier par le préfet de région dans les conditions prévues à l'article 3.

Lorsque le préfet de région prescrit des fouilles, il assortit sa prescription d'un cahier des charges qui définit les objectifs, les données scientifiques et les principes méthodologiques de l'intervention ainsi que le délai prévisionnel de remise du rapport final.
L'Institut national de recherches archéologiques préventives établit, dans un délai d'un mois à compter de la décision préfectorale, son projet d'intervention sur la base de ce cahier des charges. Ce projet indique notamment les modalités de réalisation de la prescription, en particulier les méthodes et techniques employées, les moyens humains et matériels prévus et les conditions de leur mise en oeuvre.
Le projet d'intervention est transmis au préfet de région qui dispose d'un délai de quinze jours à compter de sa réception pour formuler ses observations. Si le projet ne permet pas le respect du cahier des charges, le préfet de région demande à l'Institut national de recherches archéologiques préventives, après avoir, le cas échéant, saisi pour avis la commission interrégionale de la recherche archéologique, de modifier son projet et fixe le délai imparti à l'établissement pour cette modification.

Lorsque le déroulement des opérations fait apparaître la nécessité d'une modification substantielle du projet d'intervention, le projet révisé est soumis aux dispositions de l'article 18.
En cas de découvertes réalisées pendant l'intervention, conduisant à remettre en cause les résultats du diagnostic et les données scientifiques du cahier des charges, le préfet de région peut formuler des prescriptions complémentaires, qui ne peuvent cependant conduire à modifier la durée totale prévue dans la convention mentionnée à l'article 25. L'Institut national de recherches archéologiques préventives révise alors son projet dans les conditions prévues à l'article précédent.
En cas de découverte d'importance exceptionnelle, le préfet peut, par une décision motivée prise après avis de la commission interrégionale de la recherche archéologique, prolonger la durée d'intervention de l'Institut national de recherches archéologiques préventives et, le cas échéant, prescrire la conservation de tout ou partie du site. En ce cas, les pénalités dues par l'établissement public au titre du dépassement des délais stipulés dans la convention mentionnée à l'article 25 sont prises en charge par l'Etat.

Lorsque des prescriptions immédiates et postérieures au diagnostic portant sur la totalité du périmètre ont été arrêtées à l'occasion de la création d'une zone d'aménagement concerté ou de la réalisation d'un lotissement, aucune prescription supplémentaire ne peut être imposée lors de l'instruction des demandes d'autorisation d'urbanisme nécessaires à la réalisation des travaux.
Si le préfet de région, saisi en application de l'article 7, a prescrit la réalisation d'un diagnostic archéologique, il ne peut édicter que des prescriptions postérieures au diagnostic lorsqu'il reçoit, dans les conditions prévues à l'article 3, un dossier relatif à la même opération. Si, saisi en application de l'article 7, il a également prescrit des mesures postérieures au diagnostic, il ne peut édicter aucune prescription supplémentaire lorsqu'il reçoit, dans les conditions prévues à l'article 3, un dossier relatif à la même opération.

Lorsque des opérations sont réalisées par tranches successives, le calendrier prévisionnel de leur réalisation est communiqué au préfet de région qui peut décider de prescrire les mesures prévues aux articles 9 à 12 soit d'emblée pour la totalité du projet, soit lors de l'exécution de chaque tranche. Dans ce dernier cas, il définit par arrêté les délais de sa saisine et la nature des documents à fournir.
Les opérations de diagnostic sont toutefois conduites pour l'ensemble du projet si la personne qui réalise ce projet en fait la demande.

Dans les quinze jours suivant l'achèvement des opérations de fouilles, l'Institut national de recherches archéologiques préventives délivre à la personne qui projette les travaux une attestation lui permettant de justifier de l'accomplissement des prescriptions de diagnostic et de fouilles.

Le rapport final, élaboré à l'issue de l'analyse et de l'exploitation des données, sous l'autorité du responsable scientifique de l'opération, est remis au préfet de région par l'Institut national de recherches archéologiques préventives, dans les délais fixés par le cahier des charges annexé aux prescriptions. Le préfet de région en vérifie la conformité au cahier des charges et procède à son évaluation scientifique après avis de la commission interrégionale de la recherche archéologique. A l'issue de cet examen, il communique à l'Institut national de recherches archéologiques préventives ses recommandations en vue de l'exploitation scientifique de ce document.
Un exemplaire de ce rapport est transmis à la personne qui réalise les aménagements, ouvrages ou travaux.

Les normes de présentation des rapports mentionnés aux articles 17 et 23 sont définies par arrêté conjoint du ministre chargé de la culture et du ministre chargé de la recherche.