L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés du budget, de la culture et de la recherche. Des agents comptables secondaires peuvent être nommés, dans les mêmes conditions, sur avis conforme de l'agent comptable.

Un contrôleur financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget, exerce le contrôle financier de l'établissement dans les conditions fixées par arrêté conjoint du ministre chargé de la culture, du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé du budget.

Outre celles mentionnées à l'article 8 de la loi du 17 janvier 2001 susvisée, les ressources de l'établissement comprennent :
1° Les dons et legs et les recettes de mécénat ;
2° Le produit des activités définies à l'article 2 ;
3° Les revenus des biens meubles et immeubles ;
4° Le produit des avances, emprunts, participations et aliénations ;
5° D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de l'établissement comprennent :
1° Les frais de personnel ;
2° Les frais de fonctionnement ;
3° Les frais d'équipement et d'investissement ;
4° La rémunération des contrats, conventions et marchés et les frais de sous-traitance ;
5° Les impôts et contributions de toute nature ;
6° De manière générale, toutes les dépenses nécessaires aux activités de l'établissement.

Des régies d'avances et des régies de recettes peuvent être créées par le directeur général, avec l'accord de l'agent comptable, dans les conditions prévues par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.

Un arrêté conjoint du ministre chargé de la culture, du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé du budget précise les modalités particulières suivant lesquelles l'agent comptable est autorisé à accorder des avances aux personnes habilitées à intervenir sur les chantiers d'opérations archéologiques. Ces avances concernent les frais de déplacement ainsi que les frais de fonctionnement relatifs aux dépenses courantes des opérations.