L'ordre du jour du Conseil supérieur de la fonction militaire comprend :

- les projets de textes, les questions, les propositions relevant de l'article 8 que le président a décidé d'y inscrire, pour avis ou pour information ;
- les questions inscrites d'office, dont l'examen a été demandé par la majorité des membres du Conseil supérieur de la fonction militaire ;
- les questions traitées par les commissions hors réunion du conseil.

L'ordre du jour des conseils de la fonction militaire comprend :

- les questions propres à chaque force armée ou formation rattachée que le président a décidé d'y inscrire, pour examen ou pour information, à son initiative ou sur proposition du vice-président concerné ;
- les questions inscrites d'office, dont l'examen a été demandé par la majorité des membres du conseil concerné ;
- les propositions adressées au secrétaire général par un membre du conseil concerné qui ont été retenues par le président.

Ils peuvent également procéder à une étude des questions et des projets de texte les concernant inscrits à l'ordre du jour du Conseil supérieur de la fonction militaire.

Les militaires peuvent adresser des propositions, études et suggestions :

- soit aux membres du Conseil supérieur de la fonction militaire ou des conseils de la fonction militaire, qui les transmettent avec leur avis au secrétaire général concerné ;
- soit directement au secrétaire général concerné.

Les représentants des associations de retraités militaires, membres du Conseil supérieur de la fonction militaire, peuvent adresser des propositions, études et suggestions au secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire.
Ces propositions, études et suggestions doivent comporter le nom, le grade et l'affectation ou l'adresse du signataire. Cependant, sauf si l'auteur de ces propositions, études et suggestions demande formellement que son nom et son grade soient portés à la connaissance du ministre ou de l'autorité concernée, le secrétaire général présente ces propositions, études et suggestions d'une manière anonyme ; il est seul habilité, par la suite, à transmettre à l'intéressé les réponses données.
Les propositions, études et suggestions se rapportant aux domaines relevant de la compétence des conseils sont communiquées pour avis à l'autorité compétente et éventuellement transmises ensuite au ministre ou au vice-président du conseil concerné si le secrétaire général l'estime opportun. Sur décision du ministre, les propositions, études et suggestions peuvent être soumises aux membres des conseils de la fonction militaire et du Conseil supérieur de la fonction militaire.
Le secrétaire général concerné répond directement au militaire auteur de la proposition, de l'étude ou de la suggestion. Il diffuse les propositions, études et suggestions et les réponses qui y ont été apportées.
Les propositions, études et suggestions n'entrant pas dans la compétence des conseils sont renvoyées à leurs signataires, avec explication sur les motifs du rejet.

Les convocations pour les travaux du Conseil supérieur de la fonction militaire sont adressées directement et personnellement aux membres par le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire.
Une copie de ces convocations est adressée aux secrétaires généraux des conseils de la fonction militaire, aux commandants de formation administrative, aux présidents des associations professionnelles nationales de militaires, de leurs unions ou fédérations représentatives, et aux présidents d'associations de retraités de militaires du conseil permanent des retraités militaires.
Les convocations pour les conseils de la fonction militaire sont adressées, sous couvert des commandants de formation administrative, aux membres titulaires de ces conseils. L'ordre du jour et les dossiers sont adressés directement et personnellement aux membres titulaires ainsi qu'aux membres suppléants.
Les membres du Conseil supérieur de la fonction militaire sont tenus de participer aux travaux, sauf pour des motifs personnels graves dont l'appréciation est laissée au secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire.
Les membres des conseils de la fonction militaire convoqués sont tenus de siéger, sauf pour des raisons impérieuses de service ou des motifs personnels graves dont l'appréciation est laissée à l'initiative des secrétaires généraux des conseils de la fonction militaire. Les secrétaires généraux remplacent alors le membre titulaire empêché par un membre suppléant remplissant les mêmes conditions au sein d'un groupe de grades, dans l'ordre des résultats du tirage au sort ou de l'élection. Lorsque tous les suppléants d'un groupe sont indisponibles, il est fait appel à un membre de l'autre groupe.
Tout membre faisant l'objet d'une convocation bénéficie des frais de déplacement dans les conditions réglementaires.
Il peut être procédé à la désignation d'un remplaçant pour toute indisponibilité d'un membre pour une période indéterminée, d'au moins trois mois, dans les conditions et selon les modalités fixées à l'article R. 4124-16-1 du code de la défense.

Le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire adresse également une convocation, à titre consultatif, aux représentants du ministre de l'intérieur, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la fonction publique, et une invitation aux personnalités appelées à participer aux séances plénières.

Les secrétaires généraux sont chargés de l'organisation des travaux et sessions, selon les directives données par le président pour le Conseil supérieur de la fonction militaire ou les vice-présidents pour les conseils de la fonction militaire.
Le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire fait élire séparément lors de sa première réunion un secrétaire et un secrétaire adjoint du conseil. L'élection s'effectue selon un scrutin uninominal majoritaire à deux tours. Le mandat de ces derniers est de six mois renouvelable une fois.
Le secrétaire du conseil assiste le secrétaire général dans l'animation des travaux du conseil.
Il participe à la rédaction des avis et des comptes rendus pour chaque réunion du conseil.
Il participe à la rédaction du communiqué réalisé à l'issue de chaque séance plénière du conseil et le contresigne.
Les secrétaires généraux des conseils de la fonction militaire font procéder au début de chaque session à la désignation par les conseils d'un secrétaire de session, qui peut être assisté d'un adjoint.
Ce secrétaire de session assiste le secrétaire général dans l'animation des séances du conseil, participe à la rédaction des avis du conseil et du communiqué de session, signe l'avis du conseil et contresigne le communiqué de session.

Le Conseil supérieur de la fonction militaire soit siège en séance plénière sur décision de son secrétaire général, soit est convoqué en réunion ou en commission par ce dernier.
Les conseils de la fonction militaire siègent, sur décision de leur secrétaire général, soit en séance plénière, soit en groupes de travail.
Les secrétaires généraux assistent aux différents travaux de leurs conseils respectifs, mais ne participent pas aux votes. Les membres s'expriment librement sur chacune des questions posées et donnent un avis, recueilli par le secrétaire général, à la majorité des voix. Toutefois, ils sont tenus à l'obligation de réserve dans la diffusion des opinions exprimées en séance. Les secrétaires généraux sont tenus à une obligation de neutralité dans les débats des conseils.
Le vote est secret si un tiers au moins des membres présents le demande ou sur décision du secrétaire général. Le dépouillement est alors effectué par le secrétaire général en présence du secrétaire du conseil et de deux membres désignés par ce dernier.

Les conseils peuvent faire appel, en tant que de besoin, à des personnes qualifiées après accord du président ou du vice-président concerné.

Les réunions et séances plénières du Conseil supérieur de la fonction militaire et les sessions des conseils de la fonction militaire font l'objet des avis, communiqués et comptes rendus rédigés, signés et diffusés dans les conditions suivantes :
En ce qui concerne le Conseil supérieur de la fonction militaire :

- avant chaque réunion du conseil, les réunions des commissions font l'objet d'un compte rendu succinct, récapitulant les sujets traités, signé par le secrétaire général et contresigné par le secrétaire de commission ;
- les réunions du conseil font l'objet d'un compte rendu signé par le secrétaire général du conseil supérieur et contresigné par le secrétaire du conseil. Il est diffusé par le secrétaire général. Les avis du conseil sur les projets de texte sont signés par le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire ;
- sa séance plénière fait en plus l'objet d'un communiqué signé par le président du Conseil supérieur de la fonction militaire ou par l'autorité désignée par lui à cet effet et contresigné par le secrétaire du conseil.

Ce communiqué est diffusé par le ministre de la défense.
En ce qui concerne les sessions des conseils de la fonction militaire :

- l'avis sur les textes et questions à l'ordre du jour est signé par le secrétaire de session ;
- le communiqué est signé par le vice-président et contresigné par le secrétaire de session ; il est diffusé par le vice-président.

Les communiqués et les comptes rendus du Conseil supérieur de la fonction militaire et des conseils de la fonction militaire reçoivent la plus large diffusion, de telle sorte que l'ensemble des militaires servant en activité puissent en avoir connaissance au sein de leur formation, établissement ou service.
Les communiqués et les comptes rendus du Conseil supérieur de la fonction militaire sont en outre diffusés aux associations professionnelles nationales de militaires, leurs unions et fédérations représentatives et aux associations de retraités militaires.
Les avis et communiqués des conseils de la fonction militaire sont diffusés aux associations professionnelles nationales de militaires représentatives au niveau de la force armée ou formation rattachée considérée.

Les secrétaires généraux rendent compte de chaque session, notamment dans les organes de la presse militaire, interarmées ou propre à chaque force armée ou formation rattachée.
La diffusion d'une information relative aux sessions du Conseil supérieur de la fonction militaire et des conseils de la fonction militaire est assurée notamment par l'intermédiaire du service chargé de l'information et de la communication de la défense.

Les membres du Conseil supérieur de la fonction militaire reçoivent en début de mandat une lettre de nomination signée du ministre de la défense.
Est instauré un dialogue individualisé entre les membres du Conseil supérieur de la fonction militaire et leur force armée ou formation rattachée, de manière à intégrer la réalisation d'un mandat de représentation de façon coordonnée avec la poursuite de leur parcours de carrière. Chaque gestionnaire apportera une attention particulière à une éventuelle demande d'affectation de ces militaires.
Les commandants de formations administratives auxquelles sont rattachés les membres du Conseil supérieur de la fonction militaire sont tenus informés de leurs convocations.
Les commandants des formations administratives et les autorités dont ils relèvent accordent toutes facilités aux membres du Conseil supérieur de la fonction miliaire pour se tenir informés des problématiques locales de condition militaire.
Les autorités dont relèvent, au titre de leur emploi, les militaires servant en activité, membres des conseils de la fonction militaire leur accordent toutes facilités pour l'exercice de leurs fonctions.
Les membres du Conseil supérieur de la fonction militaire disposent de tous moyens nécessaires à l'exécution de leurs missions notamment d'un bureau personnel permettant d'accéder aux réseaux informatiques, ainsi que du mobilier utile au rangement et classement de leurs documents de travail.
Les membres titulaires des conseils de la fonction militaire disposent de tous moyens nécessaires à l'accomplissement de leur mission notamment de la communication de tous documents utiles à leurs travaux et d'un accès aux réseaux informatiques.
Les membres des conseils de la fonction militaire reçoivent en outre une aide particulière dans leurs travaux de la part de leurs supérieurs hiérarchiques, qui leur accordent le temps nécessaire à la préparation ainsi qu'à l'exploitation des sessions.
Ils sont habilités à correspondre directement avec le secrétaire général du conseil de la fonction militaire de leur force armée ou formation rattachée.
Les membres du Conseil supérieur de la fonction militaire et des conseils de la fonction militaire reçoivent une aide particulière dans leurs travaux de la part des services administratifs et de chancellerie de leur corps d'affectation et, si nécessaire, des services administratifs situés à l'échelon local ou supérieur, qui fournissent aux membres des précisions sur la documentation qu'ils reçoivent, répondent à leurs demandes d'information complémentaire et les aident dans la rédaction des documents écrits.
Ils sont habilités à correspondre directement avec le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire et le secrétaire général du conseil de la fonction militaire de leur force armée ou formation rattachée.

A la réception d'une convocation les membres des conseils de la fonction militaire qui peuvent honorer leur mandat bénéficient d'une dispense de service pendant les trois jours ouvrables précédant une réunion du conseil de la fonction militaire.