Les commissaires suivent une formation qui tient compte de leur cursus professionnel et universitaire antérieur. Cette formation doit leur permettre de parfaire ou d'acquérir :
1° Les qualités inhérentes à l'état d'officier ;
2° La connaissance d'une armée d'ancrage et d'un milieu de premier emploi ;
3° Les compétences d'administrateur et d'expert dans les domaines du soutien et du fonctionnement administratif, financier, juridique et logistique des formations administratives du ministère de la défense.
La durée de cette formation est d'une année.

Les commissaires stagiaires bénéficient, avant le début du cycle de formation, d'un entretien individuel conduit sous la responsabilité de la direction centrale du service du commissariat des armées. Cet entretien vise à adapter leur formation à leur cursus antérieur et aux premières affectations envisagées.
En fonction des besoins de formation identifiés, le cycle de formation peut comprendre des enseignements, des études personnelles ou des stages dans des domaines tels que la comptabilité, les finances publiques, la logistique, les achats publics, l'audit et le contrôle de gestion, le droit, l'organisation et les ressources humaines.
Les commissaires stagiaires recrutés parmi les fonctionnaires et les agents contractuels du ministère de la défense bénéficient en outre d'une formation spécifique d'armée afin d'acquérir la maîtrise des qualités nécessaires à l'état d'officier.

Le programme de formation définitivement arrêté par la direction centrale du service du commissariat des armées est notifié à chaque commissaire stagiaire : il précise les objectifs, le contenu, les modalités de la formation et des évaluations la sanctionnant.