La durée de la scolarité à l'Ecole militaire interarmes est de deux années.
Elle comprend quatre semestres, dont deux à dominante militaire et deux à dominante académique.

La scolarité des élèves officiers comprend :
― une formation militaire préparant les élèves officiers à leur niveau et leur milieu d'emploi et au commandement ;
― une formation académique dont la dominante est fonction du cursus de formation suivi ;
― une formation humaine préparant les élèves officiers à l'exercice de l'autorité, à l'éthique et à la déontologie du métier des armes.

Le commandant des écoles de Saint-Cyr Coëtquidan décide de l'orientation des élèves officiers de l'Ecole militaire interarmes dans l'un des trois cursus de formation suivants :
― sciences et technologies de la défense ;
― géopolitique, relations internationales et stratégie ;
― économie et gestion publique/défense.

A titre exceptionnel, des élèves officiers peuvent être désignés par le commandant des écoles de Saint-Cyr Coëtquidan, en fonction des diplômes détenus lors de leur admission à l'école et de leur aptitude particulière, pour suivre une partie de leur scolarité, académique ou militaire, dans des établissements d'enseignement supérieur français ou étrangers.

Durant chaque semestre de formation, les résultats des élèves officiers sont appréciés dans le cadre d'un contrôle continu des connaissances au moyen d'épreuves écrites et orales, d'examens militaires, académiques et sportifs, et, le cas échéant, de l'évaluation de stages ou de projets.
Des enseignements peuvent, en cas de résultats insuffisants de l'élève officier, être validés, le cas échéant après épreuves de rattrapage.
En fin de scolarité, les élèves officiers présentent une épreuve orale spécifique portant sur l'ensemble des matières enseignées au titre de leur scolarité et les travaux qui ont été conduits.