Le Conseil national de la recherche archéologique comprend une commission des opérations sous-marines, présidée par le vice-président du conseil national.
Elle comprend en outre :
1° Le directeur de l'architecture et du patrimoine au ministère chargé de la culture ;
2° Deux membres choisis parmi les personnalités qualifiées mentionnées au 2° de l'article 4 et deux personnalités qualifiées choisies en raison de leurs compétences en matière d'archéologie sous-marine, désignés par le ministre chargé de la culture ;
3° Cinq représentants élus par les commissions interrégionales de la recherche archéologique de l'Ouest, du Sud-Ouest, du Sud-Est, du Centre-Nord et de l'outre-mer, à raison d'un représentant par commission.

La commission des opérations sous-marines est chargée de définir les programmes nationaux de recherche archéologique en matière d'archéologie sous-marine.
Elle est chargée d'émettre, au nom du Conseil national de la recherche archéologique, un avis :
1° Sur le montant de la récompense attribuée aux personnes ayant découvert et déclaré un bien culturel maritime dont la propriété est attribuée à l'Etat, conformément à l'article 4 du décret du 5 décembre 1991 susvisé ;
2° Sur la nature et le montant des récompenses prévues à l'article 66 du décret du 3 juin 2004 susvisé et, en application de l'article 67 du même décret, sur l'évaluation de l'importance des vestiges, lorsqu'il s'agit de biens culturels maritimes ;
3° Sur les opérations sous-marines effectuées dans le domaine public maritime ou au fond de la mer dans la zone contiguë, au sens de l'article L. 532-12 du code du patrimoine, à Mayotte, à Saint-Pierre-et-Miquelon, dans les Terres australes et antarctiques françaises, aux îles Wallis-et-Futuna ainsi que dans le domaine public maritime de l'Etat en Nouvelle-Calédonie et en Polynésie française.
Le rapport annuel d'activités du service compétent en matière de recherches archéologiques subaquatiques et sous-marines au ministère de la culture lui est soumis pour avis.