Lors des délibérations du Conseil national de la recherche archéologique, de la délégation permanente et de la commission des opérations sous-marines, chacun des membres ne peut détenir plus de deux pouvoirs.
Le scrutin secret est de droit lorsqu'il est demandé par le tiers au moins des membres présents ou représentés.
Le conseil national adopte un règlement intérieur.
Les membres du conseil national, de la délégation permanente et de la commission des opérations sous-marines exercent leurs fonctions à titre gratuit.
Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

En cas d'absence du président de la délégation permanente ou de la commission des opérations sous-marines, un président de séance est élu parmi leurs membres.

A la demande du président, des inspecteurs généraux de l'architecture et du patrimoine compétents en matière d'archéologie assistent avec voix consultative aux séances du conseil national.
Les rapporteurs sont désignés parmi les membres, selon le cas, du conseil national, de la commission des opérations sous-marines ou de la délégation permanente par le président de ces formations.

Le secrétariat du Conseil national de la recherche archéologique, de la délégation permanente et de la commission des opérations sous-marines est assuré par la sous-direction chargée de l'archéologie à la direction de l'architecture et du patrimoine au ministère chargé de la culture.