Les taux journaliers des indemnités susceptibles d'être attribués aux agents à l'occasion des missions qu'ils effectuent à l'étranger sont fixés au c de l'article 1er de l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités de mission.

Pour les déplacements à l'étranger est versée une indemnité de mission journalière forfaitaire, destinée à couvrir les frais de repas et d'hébergement (chambre, petit-déjeuner et éventuelle taxe de séjour), qui se décompte pour chaque période de 24 heures passées (entre 0 heure et 23 h 59) sur le lieu de la mission dans le pays où s'accomplit le déplacement. La journée d'arrivée et la journée de départ donnent lieu chacune à l'attribution d'une indemnité journalière forfaitaire.

L'agent accomplissant une mission temporaire à l'étranger perçoit autant d'indemnités journalières de mission que de nuits ou de fractions de nuit passées à la destination ou aux destinations figurant sur son ordre de mission. La nuit s'apprécie comme la période comprise entre 0 heure et 5 heures.

Lorsque l'arrivée et le départ ont lieu le même jour, il est attribué à l'agent 17,5 % de l'indemnité journalière au titre d'un repas. Dans le cas où sa mission serait prolongée au-delà de vingt heures sur le lieu de la mission, il perçoit 17,5 % de l'indemnité journalière au titre d'un repas supplémentaire.

Conformément à l'article 2 de l'arrêté du 3 juillet 2006 modifié fixant les taux des indemnités de mission prévues à l'article 3 du décret n° 2006-781 susvisé, lorsqu'un agent est logé et/ou nourri gratuitement, à l'occasion des missions qu'il effectue à l'étranger, l'indemnité journalière fait l'objet d'abattement suivant :
a) Si seul l'hébergement est pris en charge gratuitement, lorsque l'agent est en mission pendant la totalité de la période comprise entre 0 heure et 5 heures, l'indemnité journalière forfaitaire versée à l'agent est réduite de 65 % ;
b) Si seuls les repas sont pris en charge gratuitement, lorsque l'agent est en mission pendant la totalité de la période comprise entre 12 heures et 14 heures ou entre 19 heures et 21 heures, l'indemnité journalière forfaitaire versée à l'agent est réduite, par période concernée, de 17,5 % ;
c) Si l'hébergement et les repas sont pris en charge gratuitement, aucune indemnité n'est versée à l'agent.

En cas de nécessité de service, l'agent en mission peut se faire rembourser, sur présentation de factures originales, les frais engagés pour la délivrance d'un passeport, d'un visa, pour participation à des séminaires ou colloques ou pour des vaccins ou prescriptions médicales obligatoires ou recommandés par l'autorité sanitaire compétente ainsi que tout examen biologique de dépistage virologique règlementairement imposé.
De même, l'agent doit recourir aux prestations d'assurance de voyage notamment pour le rapatriement, l'assistance, les frais médicaux ou la responsabilité civile à l'étranger, du titulaire du marché en cours de validité ou d'autres prestataires de service, sous contrat avec le ministère de l'agriculture et de l'alimentation dans le respect du code de la commande publique.

Conformément aux dispositions de l'article 7-1 du décret n° 2006-781 modifié susvisé, en cas de mission effectuée à l'étranger par le ministre, les membres de son cabinet, ou par toute personne sur autorisation du directeur concerné, les indemnités journalières peuvent être majorées. Elles sont alors calculées sur la base de cinq tiers des taux fixés par l'arrêté du 3 juillet 2006 modifié susvisé.