Lors de leur admission en école, les élèves commissaires présentent une demande en vue d'être admis à l'état d'officier de carrière. Ils s'engagent à servir en cette qualité pendant une période de six ans à l'issue de leurs deux années de scolarité.

Les objectifs, l'organisation, le contenu et le déroulement de la scolarité des élèves commissaires sont fixés par instruction du directeur central du service du commissariat des armées. Cette instruction fixe également la composition du conseil de la formation de l'école des commissaires des armées.
Ce conseil de la formation se réunit au moins une fois par an. Il est consulté sur le contenu du programme général d'enseignement, le déroulement des formations et les méthodes pédagogiques utilisées. Il propose les évolutions de la scolarité qui lui paraissent nécessaires. Il s'assure de l'adéquation entre la formation dispensée et les fonctions exercées au sein des forces armées, directions et services du ministère de la défense à l'issue de la formation initiale.
Une circulaire annuelle, signée du directeur central du service du commissariat des armées, portant « programme général d'enseignement » décrit les disciplines et activités programmées, les conditions d'organisation des examens ainsi que les coefficients afférents à chaque cycle d'enseignement.
Le programme des périodes de formation au sein des organismes relevant des armées, directions et services est arrêté après concertation avec le directeur des ressources humaines de chaque armée, direction et service.

La scolarité des élèves commissaires dure deux ans. Au cours de celle-ci, les élèves reçoivent une formation humaine et militaire d'officier ainsi qu'une formation professionnelle portant sur les domaines administratif, juridique, financier et logistique, adaptée à leur milieu d'emploi. La scolarité se répartit en trois périodes de formation :

1. Une période de formation spécifique d'armée, qui donne aux élèves commissaires les bases nécessaires à l'état d'officier. Ce cycle de formation, d'une durée d'environ dix semaines, se déroule principalement au sein des écoles d'officiers de l'armée de terre, de la marine et de l'armée de l'air.
2. Une période de formation d'administrateur, qui apporte aux élèves commissaires l'expertise nécessaire à l'exercice de fonctions d'encadrement supérieur dans le domaine de l'administration générale et des soutiens communs des armées et des formations rattachées du ministère de la défense. Cette formation interarmées commune à tous les ancrages et milieux d'emploi porte notamment sur l'administration, les finances, le droit, l'audit, le conseil, la logistique et l'environnement. Cette période de formation dure environ un an et se déroule principalement au sein de l'école des commissaires des armées.
3. Une période de formation de milieu, qui permet aux élèves commissaires de se préparer à leur premier emploi au sein des unités opérationnelles des armées, directions et services en leur permettant d'appliquer à leur milieu d'emploi les compétences acquises lors de la période de formation d'administrateur. Cette période de formation, d'une durée d'environ huit mois, se déroule avec le concours d'unités et d'établissements relevant de l'armée de terre, de la marine, de l'armée de l'air, du service de santé des armées et de la direction générale de l'armement.

Certaines séquences de formation peuvent être organisées en partenariat avec d'autres établissements de l'enseignement supérieur civil ou militaire. Les modules de formation du master, suivis en milieu universitaire ou à l'école des commissaires des armées, peuvent conduire à l'attribution du grade de master 2 par l'université d'Aix-Marseille.