La commission consultative paritaire est présidée par le directeur général de l'agence. En cas d'empêchement du président, la commission est présidée par un représentant de l'administration qu'il désigne.

La commission élabore son règlement intérieur selon le règlement type prévu à l'article 29 du décret du 28 mai 1982 susvisé. Il est soumis à l'approbation du directeur général de l'agence de l'eau. Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission.
Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission. Ce procès-verbal est soumis à l'approbation des membres de la commission.

La commission se réunit au moins deux fois par an hors le(s) cas où elle doit se prononcer en matière disciplinaire, sur convocation de son président, à son initiative ou, dans le délai maximal de deux mois, sur demande écrite de la moitié au moins des représentants titulaires du personnel.

Les suppléants peuvent assister aux séances de la commission. Ils n'ont voix délibérative qu'en l'absence des membres titulaires qu'ils remplacent.
Le président de la commission peut convoquer des experts à la demande de l'administration ou à la demande des représentants du personnel afin qu'ils soient entendus sur un point inscrit à l'ordre du jour. Les experts ne peuvent assister qu'à la partie des débats, relative aux questions pour lesquelles leur présence a été demandée, à l'exclusion du vote.

La commission est saisie par son président ou sur demande écrite signée par la moitié au moins des représentants titulaires du personnel de toute question relevant de sa compétence. Elle émet un avis à la majorité des membres présents.
S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires de la commission, le vote a lieu à bulletin secret. En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition adoptée. Les abstentions sont admises.
Lorsque le directeur général de l'agence de l'eau prend une décision contraire à l'avis ou à la proposition émis par la commission, il informe par écrit la commission des motifs qui l'ont conduite à ne pas suivre la proposition ou l'avis émis. Les séances des commissions ne sont pas publiques.

Les représentants du personnel ne peuvent siéger à la commission lorsque celle-ci est appelée à délibérer sur leur situation individuelle. Lorsque la commission évoque la situation d'un représentant du personnel en tant que titulaire, il est fait appel au premier représentant suppléant ou, à défaut, à un autre représentant suppléant appartenant à la même liste. Dans le cas où une commission est appelée à examiner la situation de tous les représentants, titulaires et suppléants, de cette commission ou si aucun représentant ne peut valablement siéger, il est fait application de la procédure de tirage au sort.

Toutes facilités doivent être données à la commission par l'administration pour lui permettre de remplir ses attributions. En outre, communication doit lui être donnée de toutes pièces et documents nécessaires à l'accomplissement de sa mission huit jours au moins avant la date de la séance.
Une autorisation d'absence est accordée aux représentants du personnel pour leur permettre de participer aux réunions de la commission, sur simple présentation de leur convocation.
La durée de cette autorisation est calculée en tenant compte des délais de route, de la durée prévisible de la réunion, et augmentée d'un temps égal à cette durée afin de mettre les intéressés en mesure d'assurer la préparation et le compte rendu des travaux de la commission, sans que ce temps puisse excéder deux journées.
Les membres de la commission sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle en ce qui concerne tous les faits et documents dont ils ont connaissance en cette qualité.

En cas de difficulté dans le fonctionnement de la commission, le directeur général de l'agence de l'eau en rend compte au ministre en charge de l'environnement. En cas de difficulté de fonctionnement, une commission consultative paritaire peut être dissoute. Il est alors procédé dans le délai de deux mois, à la mise en place, dans les conditions fixées par le présent arrêté, d'une nouvelle commission consultative paritaire.

La commission ne délibère valablement qu'à la condition d'observer les règles de constitution et de fonctionnement édictées par le décret du 11 mai 2007 susvisé, le présent arrêté ainsi que par son règlement intérieur.
En outre, les trois quarts au moins des membres doivent être présents lors de l'ouverture de la réunion. Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans un délai de huit jours aux membres de la commission, qui siège alors valablement, si la moitié de ses membres est présente.

Le directeur de l'eau et de la biodiversité et les directeurs généraux des agences de l'eau sont chargés, chacun en ce qui le concerne, de l'exécution du présent arrêté, qui sera publié au Journal officiel de la République française.