La commission élabore son propre règlement intérieur.
Le secrétariat de la commission est assuré par un représentant de l'administration qui ne peut être un membre de la commission. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint. Il est soumis à l'approbation des membres lors d'une séance suivante.

La commission se réunit au moins une fois par an, sur convocation de son président, à son initiative ou, dans le délai maximum de deux mois, sur demande écrite de la moitié au moins des représentants titulaires du personnel.

Les suppléants peuvent assister aux séances de la commission sans pouvoir prendre part aux débats. Ils n'ont voix délibérative qu'en l'absence des titulaires qu'ils remplacent.
Le président de la commission peut convoquer des experts à la demande de l'administration ou à la demande des représentants du personnel afin qu'ils soient entendus sur un point inscrit à l'ordre du jour.
Les experts ne peuvent assister qu'à la partie des débats, à l'exclusion du vote, relative aux questions pour lesquelles leur présence a été demandée.

La commission est saisie par son président ou sur demande écrite signée par la moitié au moins des représentants titulaires du personnel de toutes questions entrant dans sa compétence. Elle émet ses avis à la majorité des membres présents.
S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Les abstentions sont admises. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires de la commission, le vote a lieu à bulletin secret. En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition formulée.
Lorsque l'autorité compétente prend une décision contrairement à l'avis ou à la proposition émis par la commission, cette autorité doit informer la commission des motifs qui l'ont conduite à ne pas suivre l'avis ou la proposition.

Les séances de la commission ne sont pas publiques.

Lorsque la commission évoque la situation d'un représentant du personnel siégeant en tant que titulaire, il est fait appel au représentant suppléant ou, à défaut, à un autre représentant suppléant appartenant à la même liste.

Toutes facilités doivent être données aux membres de la commission par l'administration pour leur permettre de remplir leurs attributions.
En outre, communication doit leur être donnée de toutes les pièces et documents nécessaires à l'accomplissement de leur mission, huit jours au moins avant la date de la séance.
Une autorisation d'absence est accordée aux représentants du personnel, titulaires et suppléants, et aux experts pour leur permettre de participer aux réunions de la commission sur simple présentation de leur convocation. La durée de cette autorisation est calculée en tenant compte des délais de route, de la durée prévisible de la réunion et augmentée d'un temps égal à cette durée afin de mettre les intéressés en mesure d'assurer la préparation et le compte rendu des travaux de la commission.
Les membres de la commission et les experts sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle en ce qui concerne tous les faits et documents dont ils ont eu connaissance en cette qualité.

La commission ne délibère valablement qu'à la condition d'observer les règles de constitution et de fonctionnement édictées par la présente décision et par son règlement intérieur.
En outre, les trois quarts au moins des membres doivent être présents lors de l'ouverture de la réunion.
Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans un délai de huit jours aux membres de la commission, qui siège alors valablement si la moitié des membres sont présents.

Les membres, titulaires et suppléants, de la commission ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions dans celle-ci. Les membres titulaires sont toutefois indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées par le décret du 3 juillet 2006 susvisé.

Lorsque la commission est appelée à se prononcer sur une sanction disciplinaire ou un licenciement, elle s'assure que l'agent intéressé a été mis à même de prendre connaissance de son dossier avant la réunion, qu'il a été informé de la possibilité de se faire entendre par la commission, de se faire assister ou représenter par un défenseur de son choix et de demander l'audition de témoins.
Même si l'intéressé n'a pas usé des possibilités qui lui sont offertes ou s'il n'a pas déféré à la convocation qui lui a été adressée de se présenter devant la commission, celle-ci siège valablement.

Dans l'intérêt du service, la durée du mandat de la commission peut être réduite ou prorogée par décision du directeur général de l'OFPRA. Cette réduction ou prorogation ne peut excéder une durée de dix-huit mois.
En cas de difficulté dans son fonctionnement, la commission peut être dissoute dans la forme prévue pour sa constitution après avis du comité technique d'établissement.
Il est alors procédé, dans le délai de deux mois, à la mise en place, dans les conditions fixées par la présente décision, d'une nouvelle commission.