Le comité scientifique mentionné à l'article 1er de la loi du 29 février 2016 susvisée est chargé de l'évaluation de l'expérimentation. Il est composé de personnalités reconnues pour leurs compétences académiques et de représentants des services des études et des statistiques des personnes publiques intéressées.

L'évaluation mesure les effets de l'expérimentation sur la situation globale des territoires en matière d'emploi, de qualité de vie, d'inégalités et de développement durable.
En particulier, elle s'attache à déterminer l'impact de l'expérimentation sur ces différents aspects, en comparant l'évolution constatée sur ces dimensions par rapport à une situation où l'expérimentation n'aurait pas été mise en place. Elle utilise à cette fin tous les instruments d'observation adaptés de nature quantitative ou qualitative.
Le comité scientifique procède à une analyse coût-bénéfice de l'expérimentation. Il évalue notamment l'impact, global et territoire par territoire, de l'expérimentation sur les finances publiques. Il porte également une attention particulière à la soutenabilité du financement de l'expérimentation. Il a accès à tous les documents comptables et financiers de gestion du fonds. Il analyse les conditions d'une éventuelle généralisation.