Le contrôle économique et financier de l'Etat sur les établissements publics du groupe public ferroviaire est exercé par la mission de contrôle économique et financier des transports dans les conditions fixées aux articles 46 à 53.

La mission de contrôle exerce les fonctions qui lui sont confiées sous l'autorité et pour le compte du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget.
Elle est également à la disposition du ministre chargé des transports pour tout avis ou intervention qui lui serait demandé dans les domaines de sa compétence.

La mission est chargée d'un rôle d'information, de conseil et de contrôle en matière économique et financière auprès de la SNCF, de SNCF Réseau et de SNCF Mobilités ainsi que des sociétés dans lesquelles un ou plusieurs de ces établissements publics détiennent plus de la majorité du capital ou dont plus de la majorité du capital est détenu, ensemble ou séparément, par ceux-ci ou par les sociétés ayant elles-mêmes, dans les mêmes conditions, un lien de filiation direct ou indirect avec l'un d'eux.
Des modalités spéciales d'exercice du contrôle sont fixées, en tant que de besoin, notamment pour les filiales, par arrêté conjoint des ministres chargés de l'économie, du budget et des transports.
La mission fait connaître son avis par des notes et rapports adressés aux ministres chargés de l'économie, du budget et des transports, ainsi qu'à la direction de chaque établissement public concerné.
Elle peut se faire assister par des personnes ou des organismes extérieurs, spécialisés dans les techniques de contrôle et d'évaluation. Elle en informe préalablement les trois ministres concernés ci-dessus.

La mission formule un avis écrit sur toutes les propositions soumises au conseil de surveillance de la SNCF, au conseil d'administration de SNCF Réseau et au conseil d'administration de SNCF Mobilités relatives aux contrats conclus avec l'Etat en application des articles L. 2102-5, L. 2111-10 et L. 2141-3 du code des transports et à leurs actualisations, aux plans d'entreprises, aux programmes généraux d'activité et d'investissement, aux états prévisionnels des recettes et dépenses, et aux comptes de l'exercice.
Elle peut émettre des avis sur toutes les questions et projets de décision ayant une incidence sur l'équilibre financier de la SNCF, SNCF Réseau et SNCF Mobilités, en particulier lorsque ces questions et projets sont soumis au conseil de surveillance de la SNCF, au conseil d'administration de SNCF Réseau et au conseil d'administration de SNCF Mobilités.

Elle peut notamment s'assurer de l'application des conventions ou contrats passés entre les établissements publics du groupe public ferroviaire et l'Etat ainsi que les autres personnes publiques.
La mission veille au respect des procédures de mise en concurrence et s'assure de la régularité de la passation des marchés.
Les marchés et accords-cadres ainsi que les marchés subséquents s'y rattachant passés par l'un des établissements publics du groupe public ferroviaire sont soumis à l'avis préalable de la mission de contrôle, dès lors que leur montant dépasse un seuil fixé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'économie, du budget et des transports après avis du directoire de la SNCF et des conseils d'administration de SNCF Réseau et SNCF Mobilités.
Elle est consultée sur les projets de création de filiales, de prise ou de modification de participation établis par l'un des établissements publics du groupe public ferroviaire ainsi que les sociétés mentionnées au premier alinéa de l'article 47, qui doivent les lui transmettre avant délibération de leurs instances statutaires respectives auxquelles ces avis sont communiqués.
A défaut de réponse dans les quinze jours de la saisine, l'avis de la mission est réputé favorable.

Le chef de la mission, ou son représentant, siège avec voix consultative au conseil de surveillance de la SNCF, au conseil d'administration de SNCF Réseau et au conseil d'administration de SNCF Mobilités, aux comités et commissions créés par ces conseils, ainsi qu'aux commissions des marchés de la SNCF, de SNCF Réseau et de SNCF Mobilités.
Il reçoit, en même temps que les membres des différents organismes susvisés, les documents qui leur sont adressés avant chaque séance.

La SNCF, SNCF Réseau et SNCF Mobilités fournissent à la mission toutes les informations nécessaires à l'accomplissement de ses tâches. Les membres de la mission ont tous pouvoirs d'investigation sur pièces et sur place ; ils ont accès aux documents comptables. Ils peuvent assister aux séances des comités et commissions existant dans les établissements publics et dont l'objet est en rapport avec la compétence de la mission.

La mission est installée au siège de la SNCF qui met à sa disposition les moyens en personnel et en matériel nécessaires à l'exercice de ses attributions.

La mission est dirigée par un membre de l'inspection générale des finances, chef de mission. Celui-ci est nommé par arrêté des ministres chargés de l'économie et du budget, après avis du ministre chargé des transports.
Les membres de la mission sont désignés, sur proposition du chef de mission, par arrêté des ministres chargés de l'économie et du budget et choisis parmi les fonctionnaires placés sous leur autorité, notamment parmi les membres du corps du contrôle général économique et financier. Le ministre chargé des transports met des agents à la disposition du chef de la mission.