L'établissement est administré par un conseil d'administration. Il comporte un conseil scientifique, un conseil des enseignants et un conseil de l'enseignement et de la vie étudiante.
Il est dirigé par un directeur général assisté d'un directeur général adjoint et d'un secrétaire général.
L'établissement comprend des départements d'enseignement, de recherche et d'ingénierie, des unités de recherche, des services et, le cas échéant, des services communs, des instituts et des écoles, créés par délibération du conseil d'administration.
Il comprend l'institut EDUTER, qui assure notamment les missions prévues aux 3° et 4° de l'article 3.

Le conseil d'administration comprend vingt-huit membres ainsi répartis :
a) Membres de droit :
― un représentant du ministre chargé de l'agriculture ou son suppléant ;
― un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur ou son suppléant ;
― le président de l'université de Dijon ou son suppléant ;
― un représentant de l' Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement ou son suppléant, désigné par le président-directeur général de l'établissement ;
― deux représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements désignés respectivement par leur organe délibérant ou leurs suppléants ; ces collectivités sont choisies par le conseil d'administration.
b) Membres nommés :
― huit personnalités qualifiées, dont deux personnalités scientifiques étrangères, représentatives des professions et des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement désignées conjointement par les ministres chargés de la tutelle, dont quatre sur proposition du ministre chargé de l'agriculture et quatre sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur.
c) Membres élus :
― deux représentants des professeurs relevant du décret du 6 juin 1984 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des professeurs relevant du décret du 21 février 1992 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des maîtres de conférences relevant du décret du 6 juin 1984 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des maîtres de conférences relevant du décret du 21 février 1992 susvisé et personnels assimilés ;
― un représentant des ingénieurs des ponts, des eaux et des forêts, des ingénieurs de l'agriculture et de l'environnement et des autres personnels enseignants ;
― trois représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ;
― deux représentants des étudiants.
Le conseil d'administration élit son président et son vice-président, en son sein, parmi les personnalités désignées au b.

Le conseil d'administration fixe les orientations générales de l'établissement. Il délibère notamment sur :
1° Le projet d'établissement et les contrats avec l'Etat qui le mettent en œuvre ;
2° Le règlement intérieur et le règlement des études ;
3° L'organisation interne de l'établissement, notamment la création des départements d'enseignement, de recherche et d'ingénierie, des unités de recherche, des services et des services communs, des instituts et des écoles. Il en approuve les statuts respectifs ;
4° La politique de l'enseignement, les créations de diplômes propres, les demandes d'habilitation à délivrer des diplômes nationaux et les propositions relatives aux modalités de recrutement des étudiants ;
5° La politique de recherche de l'établissement et la valorisation de ses résultats ;
6° La coopération avec l'université de Dijon et les autres établissements concernés ;
7° La politique d'ingénierie éducative ;
8° Le budget et ses décisions modificatives ;
9° Le compte financier, l'affectation du résultat et l'utilisation des réserves ;
10° Le montant des droits de scolarité acquittés par les stagiaires de la formation continue, les auditeurs libres et les étudiants préparant un diplôme propre, sans préjudice des dispositions de l'article 20 ;
11° Les acquisitions, locations et cessions d'immeubles ;
12° Les contrats, conventions et marchés ;
13° Les créations, renouvellements et suppressions d'emplois au sein de l'établissement ;
14° Les dépôts de marques, brevets et de tous titres de propriété intellectuelle ;
15° La participation à toute forme de groupement public ou privé, la création de fondations universitaires ou partenariales et de filiales ;
16° L'acceptation des dons et legs ;
17° Les emprunts ;
18° Les actions en justice et les transactions ;
Il peut déléguer au directeur général de l'établissement, dans les limites qu'il fixe, les attributions mentionnées aux 10°, 12°, 14°, 16° et 18°. Le directeur général rend compte des décisions prises dans le cadre des attributions ainsi déléguées à la plus prochaine réunion du conseil d'administration.
Le directeur général, le directeur général adjoint, les directeurs des instituts et des écoles, le secrétaire général et l'agent comptable assistent aux réunions avec voix consultative.

Le directeur général est nommé par décret dans les conditions fixées par l'article 2 du décret n° 2010-362 du 8 avril 2010 fixant les conditions de nomination et d'avancement dans les emplois de directeur général et de directeur des établissements d'enseignement supérieur agricole publics.

Le directeur général assure la direction de l'établissement et le représente en justice et à l'égard des tiers dans tous les actes de la vie civile. A cet effet, il exerce notamment les attributions suivantes :
1° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration, notamment le budget.
2° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses.
3° Il a autorité sur l'ensemble des personnels. Il nomme le directeur général adjoint et le directeur de l'institut EDUTER et à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autorité n'a reçu ce pouvoir.
4° Il décide de l'organisation et du fonctionnement des services de l'établissement ainsi que de l'attribution des locaux.
5° Il conclut les contrats, conventions et marchés délibérés par le conseil d'administration.
6° Il assure le maintien de l'ordre et de la sécurité au sein de l'établissement. Il peut faire appel à la force publique dans les locaux qui relèvent directement et exclusivement de sa responsabilité.
7° Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.
Il peut déléguer sa signature au directeur général adjoint, au secrétaire général ou à d'autres membres du personnel d'encadrement de l'établissement, dans la limite de leurs attributions.

Le conseil scientifique comprend vingt-cinq membres ainsi répartis :
a) Le directeur général de l'établissement.
b) Douze membres nommés par arrêté conjoint des ministres chargés de la tutelle de l'établissement :
― trois représentants d'organismes de recherche ;
― six personnalités scientifiques représentatives des domaines de recherche de l'établissement ;
― trois représentants d'organismes de valorisation de la recherche, d'instituts techniques ou de fédérations professionnelles.
c) Douze membres élus :
― deux représentants des professeurs relevant du décret du 6 juin 1984 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des professeurs relevant du décret du 21 février 1992 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des maîtres de conférences relevant du décret du 6 juin 1984 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des maîtres de conférences relevant du décret du 21 février 1992 susvisé et personnels assimilés ;
― un représentant des ingénieurs des ponts, des eaux et des forêts , des ingénieurs de l'agriculture et de l'environnement et des autres personnels enseignants ;
― deux représentants des personnels ingénieurs, assistants ingénieurs et techniciens ;
― un représentant des étudiants inscrits en doctorat.
Le conseil scientifique élit le président et le vice-président.

Le conseil scientifique propose au conseil d'administration les orientations à donner aux activités de recherche conduites dans l'établissement ou avec sa participation.
Il est consulté sur la répartition des crédits budgétaires de recherche, sur les caractéristiques des emplois d'enseignants-chercheurs et de chercheurs et la politique d'emplois les concernant, sur la création ou la transformation d'unités de recherche, sur toute question relative aux formations doctorales et sur le projet d'établissement ou le règlement intérieur pour les domaines relevant de sa compétence.
Il assure la liaison entre la recherche et l'enseignement et donne, à ce titre, son avis sur les projets de création ou de modification de diplômes propres, sur les demandes d'habilitation à délivrer des diplômes nationaux et sur la politique de valorisation des résultats de la recherche de l'établissement.
Il est informé et consulté sur les procédures et les bilans des évaluations des unités de recherche.

Le nombre de sièges au conseil des enseignants est fixé par le conseil d'administration sans pouvoir excéder vingt et un membres. Outre le directeur général ou son représentant qui le préside, il comprend en nombre égal des représentants élus des professeurs et assimilés, d'une part, des maîtres de conférences et assimilés et des autres personnels enseignants, d'autre part.

Le conseil des enseignants donne son avis au conseil d'administration sur les caractéristiques des emplois d'enseignants-chercheurs et, dans une formation restreinte aux seuls enseignants-chercheurs de l'enseignement supérieur agricole, il exerce les attributions mentionnées aux articles 22, 23, 24, 29, 39, 40, 41 et 52 du décret du 21 février 1992 susvisé.

Le conseil de l'enseignement et de la vie étudiante comprend vingt-cinq membres ainsi répartis :
a) Le directeur général ou son représentant, président.
b) Quatre personnalités désignées par le conseil d'administration, dont deux représentant le monde professionnel, une représentant l'université de Dijon et une représentant un établissement d'enseignement supérieur ou d'enseignement technique relevant du ministre chargé de l'agriculture.
c) Vingt membres élus :
― deux représentants des professeurs relevant du décret du 6 juin 1984 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des professeurs relevant du décret du 21 février 1992 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des maîtres de conférences relevant du décret du 6 juin 1984 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des maîtres de conférences relevant du décret du 21 février 1992 susvisé et personnels assimilés ;
― un représentant des ingénieurs des ponts, des eaux et des forêts , des ingénieurs de l'agriculture et de l'environnement et des autres personnels enseignants ;
― trois représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ;
― huit représentants des étudiants.
Le conseil élit un vice-président.

Le conseil de l'enseignement et de la vie étudiante est consulté sur les orientations et les programmes des enseignements de formation initiale et continue, les modalités de recrutement des étudiants et le règlement des études, les demandes d'habilitation de nouveaux diplômes et les projets de nouvelles filières ainsi que les modalités de contrôle des connaissances et des aptitudes et les conditions d'ajournement ou d'exclusion des étudiants pour insuffisance dans les études.
Il émet un avis sur l'organisation des départements, sur le projet d'établissement et le règlement intérieur pour les domaines relevant de sa compétence.
Il propose les mesures de nature à permettre la mise en œuvre de l'orientation des étudiants et la validation des acquis, à faciliter leur entrée dans la vie active, à favoriser les activités culturelles, sportives, sociales ou associatives offertes aux étudiants et à améliorer leurs conditions de vie et de travail.
Il examine, notamment, les mesures relatives aux activités de soutien aux œuvres universitaires et scolaires, aux services médicaux et sociaux, aux bibliothèques et aux centres de documentation. Il est garant des libertés politiques et syndicales étudiantes.