Le régime financier et comptable de l'établissement est fixé par les articles L. 719-4 à L. 719-6 du code de l'éducation et par le décret du 14 janvier 1994 susvisé. Les instituts et les écoles mentionnés à l'article 4 disposent d'un budget propre intégré au budget de l'établissement qui est élaboré, voté et exécuté dans les conditions définies par les articles 3, 4, 17, 19, 21 et 38 du même décret.
Le directeur général de l'établissement peut désigner comme ordonnateurs secondaires, pour l'exécution de leur budget propre, les directeurs des instituts et des écoles mentionnés à l'article 4.

Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de l'agriculture et du budget fixe le montant des droits de scolarité acquittés par les étudiants autres que ceux mentionnés au 10° de l'article 6.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de l'agriculture et du budget.