Afin d'assurer la réalisation des objectifs figurant à l'article 1er dans les îles Saint-Paul et Amsterdam, l'archipel Crozet et l'archipel Kerguelen, l'administrateur supérieur fixe par arrêté, pour une durée maximum de trois ans, des totaux admissibles de captures par espèces ou groupes d'espèces pour des zones, des périodes d'activité et des engins donnés, après recommandation du Muséum national d'histoire naturelle et avis du ministre des affaires étrangères, du ministre chargé de la pêche maritime et du ministre chargé de l'outre-mer.

Les totaux admissibles de captures peuvent être répartis, par arrêté de l'administrateur supérieur, entre les armements disposant d'une licence en cours de validité pour au moins un navire de pêche dans la zone économique exclusive au large des îles Australes.
La répartition de chaque total admissible de captures est effectuée en tenant compte :
1° Des antériorités des armements dans la pêcherie ;
2° Des antériorités de pêche dans les autres pêcheries des Terres australes et antarctiques françaises ;
3° Du respect par leur capitaine de navire de la réglementation en vigueur ;
4° Des orientations du marché ;
5° Des équilibres socio-économiques ;
6° De la participation à des campagnes expérimentales visant à atténuer l'impact des activités de pêche sur l'environnement ;
7° De la participation à des initiatives tendant à la protection de la ressource et de l'environnement.
Ces critères n'ont pas de caractère cumulatif.
La répartition peut être effectuée pour plusieurs années en définissant la part relative de chaque armement pour la période retenue. Dans ce cas, le quota annuel de chaque armement est calculé en fonction du niveau du total admissible de captures retenu pour l'année considérée.

Au cours de la période de gestion, un quota sous-consommé peut être transféré, par arrêté de l'administrateur supérieur, d'un armement vers un autre navire du même armement ou vers un autre armement disposant d'une licence en cours de validité. Les modalités de ce transfert sont précisées par arrêté de l'administrateur supérieur.

L'administrateur supérieur détermine par arrêté, sur la base des éléments communiqués par le ou les instituts scientifiques concernés, après avis du ministre des affaires étrangères, du ministre chargé de la pêche maritime et du ministre chargé de l'outre-mer, les règles relatives à :
1° L'interdiction permanente ou temporaire et la réglementation de l'exercice de la pêche de toutes ou de certaines espèces dans certaines zones ;
2° La taille ou le poids des captures en dessous desquels celles-ci doivent être aussitôt rejetées ;
3° La proportion de captures inférieures à la taille ou au poids minimaux mentionnés au 2° au-dessus de laquelle les opérations de pêche peuvent être interrompues ;
4° Les règles relatives au traitement des espèces non commercialisées ;
5° Les règles encadrant la mise en œuvre de procédés expérimentaux ;
6° Les obligations et interdictions relatives à l'atténuation des captures accidentelles d'oiseaux, de reptiles et de mammifères marins ;
7° Les règles relatives aux engins, instruments et appareils utilisés à des fins de pêche, à la dimension du maillage des filets et aux caractéristiques techniques des navires ;
8° Les règles relatives aux heures et aux saisons ouvertes à la pêche ;
9° Les profondeurs de pêche autorisées ;
10° L'autorisation ou l'interdiction de certains types ou procédés de pêche ;
11° La définition du pourcentage maximal de prises accessoires de certaines espèces pour certains types de pêche ou avec certains engins ;
12° La réglementation de l'emploi des appâts ;
13° Les conditions d'exécution d'opérations accessoires de la pêche à bord des navires ;
14° Les règles relatives aux rejets de captures, principales ou accessoires, et aux rejets de résidus d'usine ou d'appâts ;
15° Les obligations en matière de marquage et de recapture ;
16° Les obligations à l'égard des observateurs, contrôleurs et inspecteurs des pêcheries, et du matériel qui est mis à leur disposition ;
17° Le lieu de débarquement des captures ;
18° La prohibition de la mise en vente, de l'achat et du transport des produits dont la pêche est interdite ;
19° La définition des conditions de récolte des végétaux marins ;
20° Les conditions de délimitation des zones interdites à toute pêche ou la définition des restrictions de pêche destinées à favoriser l'implantation des structures artificielles aux fins d'exploitation et de mise en valeur des ressources biologiques ;
21° L'enregistrement des captures, l'établissement de documents obligatoires par le producteur ou, le cas échéant, l'acheteur des produits de la pêche, les délais de transmission de ces documents à l'autorité compétente ;
22° L'enregistrement et la communication des données requises dans le cadre du système de surveillance des navires de pêche par satellite ou de tout autre moyen de repérage ;
23° La détermination des conditions de conservation, de reproduction, de reconstitution des ressources de pêche et d'enrichissement ou de repeuplement des fonds ;
24° La détermination des secteurs et sous-secteurs de pêche à l'intérieur d'une zone économique exclusive et les règles de fréquentation de ces secteurs et sous-secteurs ;
25° Les interdictions de rejets en mer d'objets en matière non dégradable.
Ces règles peuvent être différentes pour chaque zone de pêche, selon ses spécificités.

Lorsqu'un total admissible de captures est réputé épuisé, la poursuite de la pêche de l'espèce ou du groupe d'espèces par les armements concernés est interdite par arrêté de l'administrateur supérieur.