L'indemnité due à la SNCF en application de l'article L. 2102-16 du code des transports est fixée par le directeur départemental ou, le cas échéant, régional, des finances publiques. Elle est égale à la valeur de reconstitution du bien, laquelle tient compte notamment :
1° Soit du prix d'acquisition du terrain de remplacement, soit de la valeur vénale du terrain cédé lorsqu'il n'y a pas lieu de procéder à l'acquisition d'un terrain de remplacement ;
2° Du coût de reconstruction des bâtiments et des installations de nature immobilière édifiés sur le terrain cédé, corrigé de la part du coût correspondant aux améliorations ou à l'accroissement de capacité qui seraient éventuellement apportés par rapport aux immeubles cédés. Cette correction est modulée en fonction de l'anticipation de l'investissement qui en résulte pour la SNCF ;
3° Du coût de déplacement et de réinstallation des équipements transportables.

Le déclassement des biens du domaine public de la SNCF qui ne sont plus affectés au service public est approuvé par le conseil de surveillance dans les conditions prévues à l'article L. 2102-17 du code des transports.
Lorsque la SNCF envisage de déclasser un bien du domaine public, elle consulte la région et, en Ile-de-France, le Syndicat des transports d'Ile-de-France, qui disposent d'un délai de deux mois pour faire connaître leurs avis sur le projet de déclassement. L'avis est réputé favorable en l'absence de réponse de l'organe délibérant dans ce délai.
La SNCF transmet avec ces avis le projet de déclassement au ministre chargé des transports qui dispose d'un délai de deux mois pour l'autoriser.
Pour les biens du domaine public ferroviaire situés, à proximité de voies ferrés exploitées, dans un périmètre défini par un arrêté du ministre chargé des transports pris après avis de l' Autorité de régulation des transports, la SNCF informe cette dernière simultanément à la consultation mentionnée au deuxième alinéa.

Sauf dans les cas prévus au j de l'article L. 213-1 et au quatrième alinéa de l'article L. 240-2 du code de l'urbanisme, lorsque la SNCF envisage de céder, le cas échéant après déclassement, un bien immobilier devenu inutile à la poursuite de ses missions, elle en informe au préalable le préfet ainsi que le président du conseil régional, le président du conseil général et le maire de la commune où est situé le bien.
L'Etat et les collectivités territoriales disposent d'un délai de deux mois pour manifester leur intention de se porter acquéreur dudit bien.
Lorsque la cession nécessite un déclassement préalable, les avis reçus ou, en cas d'absence de réponse, l'information qui a été adressée aux personnes publiques, sont joints à la saisine du ministre chargé des transports prévue au troisième alinéa de l'article 39.

La SNCF dispose d'un délai de trois ans à compter de l'autorisation du ministre chargé des transports mentionnée à l'article 39 pour procéder au déclassement. Ce délai peut être renouvelé en suivant la même procédure.
La SNCF communique au ministre chargé des transports la décision de déclassement de ce bien.

Pour les biens dont la valeur est inférieure à un montant fixé par arrêté du ministre chargé des transports, le préfet est substitué au ministre chargé des transports pour l'application des articles 39 à 41.

Les décisions de déclassement sont publiées au recueil des actes administratifs des préfectures des départements dans le ressort desquels se situent les biens déclassés.

La SNCF communique, sur sa demande, au ministre chargé des transports un état des biens acquis, déclassés ou cédés durant l'année précédente par les établissements publics du groupe public ferroviaire.