Chaque année, SNCF Mobilités établit pour l'établissement public et pour le groupe qu'il constitue avec ses filiales un budget pour l'année suivante comportant notamment :
1° Un compte prévisionnel global de résultat ;
2° Un compte prévisionnel de résultat par activité ;
3° Un programme physique et financier d'investissement détaillé par projet et par financeur pour les principaux projets concernant les gares de voyageurs ;
4° Un programme physique et financier d'investissement pour les autres projets ;
5° La liste détaillée des contrats en vigueur entre SNCF Mobilités et SNCF Réseau ainsi que le montant des paiements prévus au titre de chacun de ces contrats.

En cours d'exercice, une synthèse de l'exécution du budget est présentée à chaque séance ordinaire du conseil d'administration.
Un suivi de l'exécution de celui-ci, incluant une analyse détaillée par poste des écarts avec la prévision, est communiqué au moins quatre fois par an au conseil d'administration.

SNCF Mobilités établit des comptes de profits et de pertes et des bilans retraçant l'ensemble des éléments d'actif et de passif, sur le périmètre de l'établissement public et sur celui du groupe qu'il constitue avec ses filiales.

En application des articles L. 2123-1-1, L. 2144-1 et L. 2144-2 du code des transports, SNCF Mobilités établit des comptes séparés de profits et de pertes et des bilans retraçant l'ensemble des éléments d'actif et de passif, sur le périmètre de l'établissement public, en distinguant :

1° Les activités de transport ferroviaire de voyageurs et, en leur sein, chaque activité faisant l'objet d'un contrat de service public ;

2° Les activités de transport ferroviaire de marchandises ;

3° Les activités de gestion des gares de voyageurs, ainsi que les activités d'exploitation des autres installations de service.

En outre, conformément à l'article L. 2144-1 du code des transports, SNCF Mobilités établit de manière consolidée des comptes de profits et de pertes et des bilans retraçant l'ensemble des éléments d'actif et de passif pour les activités de transport ferroviaire de marchandises exercées par SNCF Mobilités ou par ses filiales.

Le conseil d'administration arrête, avant le 30 juin de chaque année, les comptes de l'année écoulée. A cette occasion, SNCF Mobilités présente au conseil d'administration les comptes séparés établis en application de l'article 37.
Les comptes annuels sont publiés selon les modalités de droit commun applicables aux sociétés commerciales.
Les comptes séparés établis en application de l'article 37 sont publiés selon des modalités précisées par arrêté conjoint des ministres chargés des transports, de l'économie et du budget.

Les biens domaniaux non amortissables remis en dotation par l'Etat à SNCF Mobilités sont inscrits à l'actif de son bilan pour leur valeur vénale à la date de leur remise.
Ces biens, ainsi que ceux qu'acquiert l'établissement public, peuvent faire l'objet de nouvelles évaluations ultérieures.