L'agence est soumise au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret du 25 octobre 1935 susvisé.
Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre des affaires étrangères.

Les opérations financières et comptables de l'agence sont effectuées conformément aux dispositions de l'article 60 de la loi du 23 février 1963 susvisée, des articles 14 à 25 du décret du 10 décembre 1953 susvisé ainsi que des articles 1er à 62 et 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962 susvisé.

Le directeur de l'agence nomme ordonnateurs secondaires les chefs des établissements en gestion directe et les chefs des établissements principaux des groupements de gestion définis à l'article 1er.
Il prépare et présente le budget de l'établissement public qui comporte l'ensemble des recettes et des dépenses des services centraux, des établissements en gestion directe et des groupements de gestion.
Au sein de ce budget, un tableau spécifique regroupe, par section et par nature, l'ensemble des budgets établis par les ordonnateurs secondaires des établissements en gestion directe et des groupements de gestion.
Le budget de l'agence comprend un compte de résultat prévisionnel et un tableau de financement abrégé prévisionnel. Les recettes et les dépenses y sont classées par nature selon le plan comptable de l'agence défini par le directeur de l'agence, approuvé par le ministre chargé du budget.

Les dépenses de l'agence comprennent notamment les frais de travaux d'aménagement, d'entretien et de grosses réparations afférents aux immeubles qui lui sont remis en dotation.
Les redevances dues à raison des autorisations d'occupation temporaire des biens immobiliers remis en dotation à l'agence sont perçues par cette dernière.

L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté conjoint du ministre des affaires étrangères et du ministre chargé du budget.
Des comptables secondaires sont nommés dans les établissements en gestion directe ou dans les établissements principaux des groupements, avec l'agrément de l'agent comptable de l'agence, par arrêté conjoint du ministre des affaires étrangères et du ministre chargé du budget. Plusieurs établissements en gestion directe peuvent être dotés du même comptable secondaire.
A la fin de chaque exercice, l'agent comptable de l'agence prépare le compte financier de l'agence pour l'exercice écoulé. Ce compte retrace en un document unique les recettes perçues et les dépenses effectuées par les services centraux de l'agence ainsi que par les établissements d'enseignement.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les services centraux de l'agence, dans les établissements en gestion directe et au sein des groupements de gestion, dans les conditions prévues par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.